文件名称：论文研究-MPITBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用.pdf
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更新时间：2022-08-11 12:41:05
分子动力学, 混合并行编程模型, SMP集群, MPI, 线程构建块
为了提高分子动力学模拟在对称多处理SMP集群上的计算速度, 在分子动力学并行方法中引入MPI TBB的混合并行编程模型。基于该模型, 在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法, 在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行, 节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明, 该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间, 使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明, MPI TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。