文件名称：kf-rnaseq-workflow：适用于Kids-First DRC的RNA-Seq工作流程
文件大小：586KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-09 20:04:28
bioinformatics cwl drc-harmonization CommonWorkflowLanguage
Kids First RNA-Seq工作流程 这是Kids First RNA-Seq管道，其中包括融合和表达检测。 介绍 如果有必要，该管道利用cutadapt修剪原始读取的适配器，并将读取的数据传递给STAR进行对齐。 RSEM将比对输出用于基因表达丰度估计。 此外，Kallisto用于定量，但使用伪比对从原始数据估算基因丰度。 使用STAR对齐输出上的Arriba和STAR-Fusion检测工具执行融合调用。 融合调用的过滤和优先级由annoFuse完成。 工作流程的指标由RNA-SeQC生成。 如果您想使用cavatica公共应用程序运行此工作流程，请在找到有关运行公共应用程序的基本入门。 另外，如果您想使用cwltool在本地运行，可以在找到其基础入门，并与以下自述文件中与应用程序特定的信息结合使用。 此工作流程是当前的生产工作流程，等效于此。 Cutadapt 如果需要，可
【文件预览】：
kf-rnaseq-workflow-master
----docs()
--------kfdrc-rnaseq-workflow.png(505KB)
--------dataservice.png(57KB)
--------drc_logo.png(10KB)
----tools()
--------arriba_draw_fusion.cwl(1KB)
--------fusion_annotator.cwl(1KB)
--------kallisto_calc_expression_with_fusion.cwl(1KB)
--------samtools_sort.cwl(1KB)
--------rsem_calc_expression.cwl(1KB)
--------annoFuse.cwl(1KB)
--------samtools_flagstat.cwl(606B)
--------kallisto_calc_expression.cwl(1KB)
--------format_fusion_file.cwl(956B)
--------star_align.cwl(3KB)
--------pizzly_fusion.cwl(906B)
--------samtools_fastq.cwl(3KB)
--------expression_parse_strand_param.cwl(1KB)
--------star_genomegenerate.cwl(952B)
--------arriba_fusion.cwl(2KB)
--------cutadapter.cwl(2KB)
--------supplemental_tar_gz.cwl(935B)
--------star_fusion.cwl(1KB)
--------RNAseQC.cwl(1KB)
----METHOD.md(1KB)
----.github()
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE.md(1KB)
--------workflows()
----LICENSE(11KB)
----.gitignore(56B)
----workflow()
--------kfdrc-rnaseq-workflow.cwl(18KB)
--------kfdrc_flagstat_qc.cwl(587B)
--------kfdrc_RNAseq_workflow.cwl(13KB)
--------kfdrc_annoFuse_wf.cwl(2KB)
----README.md(11KB)
----deprecated()
--------arriba_fusion.cwl(2KB)