文件名称：KMV的MATLAB的代码-hulk:使用LittleKmers进行组织素描
文件大小：3.83MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 06:50:48
系统开源
KMV的MATLAB的代码 使用Little Kmers进行组织素描 更新：2019年7月 我不再为STFC工作。 HULK 1.0.0之前的所有版本均已重命名并存档到。 STFC Hartree中心正在基于这些工具和其他工具构建基因组解决方案-如果您有兴趣，请。 现在，此版本库托管HULK> =版本1.0.0，这是对HULK的完全重新实现，并且仅基于中描述的方法。 我试图保留许多语法和现有功能，但请确保检查下面的更改日志。 这项工作仍在进行中，但master分支应该替代旧的HULK（至少用于草绘）。 在算法上存在一些差异，主要是HULK现在使用最小化频率来表示基本的微生物组样本。 重要的是，该项目现已完全开源！ 概述 HULK是一种可从流式微生物组测序数据创建小的固定大小草图的工具，可进行快速宏基因组差异分析。 HULK从FASTQ数据流中近似一个a，对其进行渐进式草图绘制，并针对其他微生物组草图进行相似性搜索查询。 HULK通过从序列中收集最小化器来工作。 最小化器使用分配给有限数量的直方图块。 找到相应的最小化器后，这些箱便会增加。 以设定的间隔（即，在处理完X序列之后），通过H