文件名称：拼接tif影像matlab代码-Stitch_and_subsample:针和子样本
文件大小：1.51MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 08:14:28
系统开源
拼接tif影像matlab代码针和子样本
该代码改编自Raj
Lab
Colonycounting_v2软件（）。
进行了更改以使代码适用于我们的图像输出超出范围（蛇成像，通道命名约定等）的情况。
设置数据
将“
Stitch_and_subsample_文件夹和所有子目录添加到您的MATLAB路径中
您将需要下载MATLAB
Image
Processing
Toolbox和Mapping
Toolbox
该数据假定扫描的所有图像都在同一文件夹中。
确保以蛇格式拍摄图像（如下所示）
[1
2
3]
[6
5
4]
[7
8
9]
确保执行nd2toTiff代码，包括“
nDigits”
=
4代码参数。
我这样做是为了确保即使您超过33x33扫描，文件名中的数字也始终保持相同的长度。
运行代码
此代码利用格式为单个的输入：
stitch_and_subsample(
【文件预览】：
Stitch_and_subsample-main
----RajLabImageTools_Functions()
--------aTrousWaveletTransform.m(4KB)
--------TwoChannelInspector.m(7KB)
--------RenameFiles.m(6KB)
--------ExtractTxnSiteData.m(17KB)
--------getImageFiles.m(4KB)
--------Rename.pl(2KB)
--------moreinfo.m(104B)
--------medianfilter.m(150B)
--------showSpotLocations.m(580B)
--------rectcropmulti.m(262B)
--------dlmcell.m(4KB)
--------rawStackInspector.m(3KB)
--------FourColorSpotInspector.m(8KB)
--------readstacks.m(742B)
--------getDataFiles.m(945B)
--------gaussian2dfunc.m(399B)
--------readmm.m(8KB)
--------SNPspotInspector.m(6KB)
--------colocDist.m(1KB)
--------withHoles.m(1KB)
--------scale.m(3KB)
--------separableConv.m(2KB)
--------errorIfInvalid.m(331B)
--------spotInspector.m(3KB)
--------imregmaxThresh.m(8KB)
--------makeColoredImage.m(537B)
----stitch_and_subsample.m(357B)
----+stitch_and_subsample()
--------stitch_all_scans.m(1KB)
--------+segment_all_scans()
--------count_cells_all_scans.m(7KB)
--------segment_all_scans_multichanel.m(7KB)
--------segment_all_scans.m(6KB)
--------+utilities()
--------downsize_all_scans.m(2KB)
--------+count_cells_all_scans()
--------+stitch_all_scans()
----README.md(5KB)
----README_screenshots()
--------scan_alignment_choice.png(63KB)
--------manual_align_left_right.png(593KB)
--------scan_alignment.png(64KB)
--------set_scan_size.png(47KB)
--------enter_overlap.png(146KB)
--------downsize.png(45KB)
--------scan_alignment_manual.png(60KB)
--------manual_align_top_bottom.png(429KB)
--------Enter_channel_for_Each_Wavelength.png(89KB)
--------channel_and_wavelength_assignment.png(71KB)
--------enter_tile_dimensions.png(112KB)
--------enter_overlap_numbers.png(160KB)
----.gitattributes(66B)