【文件属性】：
文件名称：sequence-finder:在细菌基因组中搜索物种特定区域
文件大小：4KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-15 03:38:46
Python
序列查找器
小型快速Python管道，用于搜索细菌基因组中特定于物种的区域。
要求
您需要安装：
高炉- conda install -c bioconda blast
安装
克隆回购
git clone git@github.com:polinchen98/sequence-finder.git
安装套件
pip intall -r requirements.txt
如果这在旧版本的Python上失败，请尝试首先更新您的pip工具：
pip install --upgrade pip
用法
prepare.py下载和创建数据库（正负）
python prepare.py --genus pectobacterium --species parmentieri --id CP015749.1
splitter.py具有指定间隔和长度的分割序列
python splitter.p
【文件预览】：
sequence-finder-master
----prepare.py(4KB)
----blast.py(3KB)
----requirements.txt(40B)
----splitter.py(1019B)
----README.md(1KB)