文件名称：hmm模型matlab代码-vi-HMM:vi-HMM
文件大小：1.33MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 17:16:28
系统开源
hmm模型matlab代码vi-HMM 概述 我们的方法是用MATLAB编码的。 这是一种通过隐马尔可夫模型（HMM）查找SNP和Indel的新方法。 该模型将读取的比对（具有Phred + 33编码质量得分的SAM文件）和参考基因组（FASTA文件）作为输入，以确定参考中每个位置最可能的突变状态。 它基于TXT格式的状态信息报告变体。 我们还提供了将TXT格式转换为变体调用文件（VCF）格式的代码。 获取与使用 解压缩包。 将Matlab中的当前目录更改为“ vi-HMM”文件夹，其中包含组织到子文件夹中的代码。 为了运行程序，必须将“ vi-HMM”及其子目录添加到路径中。 这可以通过在Matlab提示符下使用以下命令来实现 >> addpath(genpath(pwd)) 用vi-HMM分析的数据必须放在文件夹“数据”中。 vi-HMM已经随附示例数据，即ref.fa，example.sam和truevar.txt。 示例数据来自我们的模拟，该模拟基于具有四个隐藏状态的HMM：“匹配”，“ SNP”，“删除”和“插入”，具有过渡母体T和发射概率（E）。有关更多详细信息关于数据模拟
【文件预览】：
vi-HMM-master
----data()
--------.DS_Store(6KB)
--------ref.fa(50KB)
--------truevar.txt(24KB)
--------example.sam(4.77MB)
----AlignmentMatrix()
--------getAlignMatrixMain.m(735B)
--------getCigar.m(4KB)
--------getInsertionPosition.m(718B)
--------updateSam.m(2KB)
--------updateRef.m(867B)
----Method()
--------convertSequence.m(509B)
--------buildEmissionMatrixDip.m(1KB)
--------findStateHap.m(2KB)
--------buildEmissionMatrixHap.m(898B)
--------findDipBaseStat.m(1KB)
--------calculateLikelihoodDip.m(1KB)
--------findHapBaseStat.m(836B)
--------updateVars.m(4KB)
--------calculateDeltaHMM.m(1KB)
--------runVarCalling.m(793B)
--------.DS_Store(6KB)
--------findSamVars.m(4KB)
--------findStateDip.m(3KB)
--------logsumexp.m(620B)
--------buildTrans.m(771B)
--------calculateLikelihoodHap.m(1KB)
----.DS_Store(16KB)
----main()
--------.DS_Store(6KB)
--------exportVars.m(649B)
--------runviHMM.m(1019B)
----preferences()
--------getTransHeter.m(313B)
--------transition.m(763B)
--------getrefPaths.m(356B)
----README.md(2KB)