【文件属性】:
文件名称:scRNA_cell_deconv_benchmark:在单细胞RNA序列数据上评估细胞类型注释R包装
文件大小:20KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-10 05:47:32
R
数据集
可通过以下获得四对真实数据集(已处理)和手稿中提到的降采样数据集: :
模拟数据集
请找到相应的Rscripts以获取模拟数据。
使用Docker运行Rscripts
从Docker文件中提取手稿中使用的软件版本(此处说明如何使用奇点)。
R会话中的用法
SINGULARITY_DOCKER_USERNAME=dockerusername SINGULARITY_DOCKER_PASSWORD=dockerpassword singularity pull docker://qhhuang/benchmark_celltype_r_packages:versioncontrol
singularity exec -B /path/to/your/working/directory /path/to/docker/img/benchmark_celltype_r_package
【文件预览】:
scRNA_cell_deconv_benchmark-master
----Scripts()
--------garnett_sample_usage.R(3KB)
--------Simulation_Data()
--------Result_preprocessing()
--------CP_and_RPC_sample_usage.R(3KB)
--------Util.R(631B)
--------singleCellNet_sample_usage.R(3KB)
--------CHETAH_sample_usage.R(1KB)
--------SingleR_sample_usage.R(1KB)
--------Seurat_sample_usage.R(2KB)
--------SCINA_sample_usage.R(2KB)
--------Data_Processing()
--------Downsample()
--------scID_sample_usage.R(1KB)
--------scmap_sample_usage.R(2KB)
----README.md(2KB)