文件名称：scRNA_cell_deconv_benchmark:在单细胞RNA序列数据上评估细胞类型注释R包装
文件大小：20KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-29 23:34:12
R
数据集 可通过以下获得四对真实数据集（已处理）和手稿中提到的降采样数据集： : 模拟数据集 请找到相应的Rscripts以获取模拟数据。 使用Docker运行Rscripts 从Docker文件中提取手稿中使用的软件版本（此处说明如何使用奇点）。 R会话中的用法 SINGULARITY_DOCKER_USERNAME=dockerusername SINGULARITY_DOCKER_PASSWORD=dockerpassword singularity pull docker://qhhuang/benchmark_celltype_r_packages:versioncontrol singularity exec -B /path/to/your/working/directory /path/to/docker/img/benchmark_celltype_r_package
【文件预览】：
scRNA_cell_deconv_benchmark-master
----Scripts()
--------garnett_sample_usage.R(3KB)
--------Simulation_Data()
--------Result_preprocessing()
--------CP_and_RPC_sample_usage.R(3KB)
--------Util.R(631B)
--------singleCellNet_sample_usage.R(3KB)
--------CHETAH_sample_usage.R(1KB)
--------SingleR_sample_usage.R(1KB)
--------Seurat_sample_usage.R(2KB)
--------SCINA_sample_usage.R(2KB)
--------Data_Processing()
--------Downsample()
--------scID_sample_usage.R(1KB)
--------scmap_sample_usage.R(2KB)
----README.md(2KB)