文件名称：DSeg software:用于分割丝状细菌和菌丝结构的 MATLAB 程序-开源
文件大小：354KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-21 11:33:00
开源软件
显微镜图像的分析是我们目前对细胞生长和形态发生的理解的基础。 因此，生物过程中形态变化的定量评估对于表征细胞结构很重要。 在这里，我们提出了一种图像分析工具 DSeg，通过使用延时数据和细胞形态约束来克服寻找复杂的细长细胞形状的困难。 实现了一种基于二进制级别集的快速算法，用于提取对象轮廓和细化形状。 该软件在 MATLAB 中实现，用于分割和跟踪来自各种显微镜系统的细胞轮廓。 视频说明：https://www.youtube.com/embed/qMbM0shkk7A?rel 最近更新：20190930 DSeg：一种动态分割程序，用于提取丝状细菌和菌丝结构的骨架模式，（2018）。 张汉清、尼克拉斯·索德霍尔姆、琳达·桑德布拉德、克里斯特·威克伦德、马格努斯·安德森*
【文件预览】：
Methods
----Functions()
--------LevelsetBranchCheck_Evolve.m(2KB)
--------getImageMeanGradient.m(1KB)
--------Func_GetCircleParaFromThreePoints.m(704B)
--------vol3d.m(6KB)
--------getJoiningPointS.m(1018B)
--------Func_struct2Array.m(449B)
--------getConnectingBranchMask.m(1KB)
--------save2video.m(1KB)
--------findOutlier.m(505B)
--------FUNC_LocalMinimumVaraiceLevelset.m(5KB)
--------FindmaximumlengthBW.m(10KB)
--------FindNamesPart.m(265B)
--------CellLengthAnalysis.m(13KB)
--------loadmedia.m(13KB)
--------Func_getpath_allfiles.m(684B)
--------cutTemplate.m(1KB)
--------FUNC_LEVELSET_shapeCL.m(4KB)
--------getAreaMap.m(242B)
--------selectROI.m(957B)
--------findExtremValues3D.m(3KB)
--------fill_plot.m(333B)
--------getImageintensityhist_DistributionProp.m(1KB)
--------FUNC_LEVELSET_shapeC.m(2KB)
----DSeg_initialization.m(9KB)
----DriftCorrection.m(32KB)
----DriftCorrection.fig(51KB)
----DSeg_IMPLEMENTATION.m(43KB)
----PostAnalysis.fig(96KB)
----Interfaces()
--------CLASS_DETECT_INTERFACE_Detection.m(766B)
--------INTERFACE_loadmedia.m(218B)
--------INTERFACE_dhm_reconstruction.m(362B)
--------CLASS_PREP_INTERFACE_Preprocess.m(227B)
--------CLASS_TRACK_INTERFACE_DataAnalysis.m(234B)
----dhm_reconstruction.m(5KB)
----PostAnalysis.m(21KB)
DSeg.m
DSeg.fig