用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix

时间:2024-09-25 11:37:09

sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占空间。

使用也是相当简单:

library("Matrix")
readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
# str(M1)

  

想转回去,as.matrix() 就可以了。

参考:

Coercion of matrix tosparsematrix (dgCMatrix) and maintainingdimnames.