参见:
Question: How to extract allnon-seqencedpositions from a genome (Fasta file)?
test.fa
>chr1
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaattgttt
taaattgtttctgtttgcagttgacatgatctNNNNNatagaaaacacca
ataactctgccaaaaaatttagaattcataaatgaatttagtaaagttgc
>chr2
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taaattgtttctgtttgcagttgacatgatcttatatatagaaaacacca
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perl一行命令
perl -ne 'chomp;if( />(.*)/){$head = $1; $i=0; next};@a=split("",$_); foreach(@a){$i++;if($_ eq "N" && $s ==0 ){print "$head\t$i"; $s =1}elsif($s==1 && $_ ne "N"){print "\t$i\n";$s=0}}' test.fa
转为规范化的bed
cat gap.bed | awk 'BEGIN{i=0}{i++;print $1,$5,$6,"Gap"i}' > gap.2.bed
提取出一个组装基因组的gap(N)和重复序列区域,保存为bed格式的更多相关文章
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