这就是本教程第一部分的全部内容,涵盖了对单个 scRNA-seq 数据集进行的大部分基础分析。在分析结束时,当然希望保存结果,可能是操作过一段时间的 Seurat 对象,这样下次就不需要重新运行所有分析了。保存 Seurat 对象的方法与保存其他 R 对象一样。可以使用 saveRDS
/readRDS
来分别保存和加载 Seurat 对象。
saveRDS(seurat, file="DS1/seurat_obj_all.rds")
saveRDS(seurat_dorsal, file="DS1/seurat_obj_dorsal.rds")
seurat <- readRDS("DS1/seurat_obj_all.rds")
seurat_dorsal <- readRDS("DS1/seurat_obj_dorsal.rds")
或者可以使用 save
/load
来一起保存或加载多个对象。
save(seurat, seurat_dorsal, file="DS1/seurat_objs.rdata")
load("DS1/seurat_objs.rdata")
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Source: https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette