烧写JIC的过程实际分为两步
第一步，使用JTAG模式烧写一个FLASH Loader固件到FPGA中；
第二步，使用该FLASH Loader固件将JTAG传输的FPGA的配置文件写入到EPCS FLASH中。
要想通过JTAG直接将数据写入到EPCS FLASH中是不那么方便的，所以Altera采用了FPGA转发的方式，在生成JIC文件时，有一个设置是在Flash Loader选项下选择被配置的FPGA器件，然后才是添加一个SOF Data，如下图所示。那么这个Flash Loader，通俗一点理解，就是Altera预先设计好的一段逻辑，从效果上等同于用户自己设计一个接受JTAG的数据并写入SPI FLASH的逻辑。所以，合成JIC文件时，就在JIC文件的某个位置插入了该逻辑的配置文件（相当于sof），然后，才是加上了用户自己设计好的逻辑的配置文件。
所以，当用户希望将自己的FPGA配置文件固化到EPCS存储器中时，当转换得到JIC文件后，在Quartus Programmer软件中添加好该JIC文件之后，可以看到软件检测出来了两个文件，第一个文件名为Factory default enhanced SFL image，第二个才是用户自己的设计文件，如下图所示：
所以烧写的时候大家应该也能够看到，实际上烧写一般会有三次进度条，第一次速度最快，那就是在下载这个FLASH Loader文件，当该文件下载进入FPGA之后，FPGA就变成可一个能够接受JTAG数据并按照SPI FLASH的接口协议将数据写入到FLASH中的烧写器。第二次更新进度条，则是对EPCS FLASH进行擦除操作，当EPCS FLASH擦除之后，最后才是耗时最长的一次进度条更新，这一次才是将用户设计烧写到EPCS FLASH中。
所以，有用户希望直接使用JIC文件来，通过其他方式，如FLASH离线烧录器等方式来批量烧写FPGA固件到EPCS中是行不通的。因为这个文件不纯洁，要纯洁的文件，可以考虑rbf文件。