NCBI Genbank核苷酸序列数据库检索基因序列解读

核酸数据库

Genbank数据库=Nucleotide数据库

（一）基因序列注释内容解析

以dut基因编码的大肠杆菌酶dutpase为例；在Nucleotide数据库search X01714或者dutpase，检索链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x01714；得到以下信息。

1.Locus

Locus：编号 长度 分子类别 基因拓扑类型 更新日期

2.Definition

对dut基因的简单描述

3.Keywords

Keywords：可用于数据库检索

Source序列所属物种的俗名

Organism：对物种的详细介绍

4.Reference

Reference：物种的科学文献来源

5.Comment

Comment ：*撰写内容，如致谢等

6.Features

Features,重要的注释内容，包括以下内容

1. source：序列来源，克隆载体或者生物
2. regulatory:区域作用，promotor启动子
3. misc_feature:列出杂项区域，transcription start region 未证实的转录起始位置
4. Ribosome-blinding site (RBS):核糖体结合位点, mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处，存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-，可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。

1. Coding segment CDS:有计算机根据翻译密码本自动翻译而来，中间翻译出来的蛋白质在各种蛋白质数据集中对应的检索号
2. Origin：核酸序列

7.Graphics

Graphics：

编码两个蛋白质CAA258591和CAA258601；启动子位置；核糖体结合区位置；转录起始位置……这些特征注释于图上

8．导出基因序列与注释内容

Send to 可选Coding squences （只保存txt文件的编码基因序列）Complete Record(全部注释和序列内容)