AutoDock安装及使用
AutoDock 4.2.6 在Windows7中文版下的安装及运行
注意事项：
1、所有安装文件及后续处理文件的存储、安装、读取目录均不可有中文文件夹出现，文件名中除字母，数字及“_”外均不可使用。
2、建议安装时使用程序默认的安装路径，不要更改。
3、同一批次处理的文件存放在默认目录中，建议每次处理完毕后将其存放在另外位置。
4、注意C:\Program Files\The Scripps Research Institute\文件夹的权限，如果没有需首先在The Scripps Research Institute文件夹上右键>属性>安全>编辑，将“组或用户名”下的所有用户“CREATOR OWNER”的权限均改为完全控制。使用AutoDockTool的用户若对此文件夹没有修改权限，则创建文件会失败。
5、在output某个文件时，需要随时观察保存文件夹下的文件是否正确生成，有时AutoDockTools软件会生成不带后缀的无效文件，需要手动重命名修改后缀，再重新替换保存，才可正常运行。
1、安装 AutoDock 4.2.6
官网免费下载(http://autodock.scripps.edu/)，文件名为autodocksuite-4.2.6-i86Windows，按照默认步骤安装，默认路径为C:\Program Files\The Scripps Research Institute\，在C:\Program Files\The Scripps Research Institute\AutoDock\4.2.6\下有两个文件autogrid4.exe和autodock4.exe，为需要用到的程序。
2、安装MGLTools-1.5.6
http://mgltools.scripps.edu/downloads
默认路径安装，安装后桌面会出现四个图标，运行AutoDock只需使用AutoDockTools-1.5.6
MGLTools-1.5.6
2.设置工作目录及工作环境
新建文件夹“1HSG”将编译好的“autogrid4,autodock4”程序以及“hsg1.pdb,ind.pdb”两个文件拷贝到此文件夹下。
确定工作文件夹（不能有中文目录）：
File>Preferences>Set…>在第三个空里填入工作目录如
“E：/1HSG”>Make Default
此后所有输入/输出文件的默认路径都是1HSG，方便后面操作。
3.准备receptor分子
在PMV中打开受体大分子hsg1.pdb，加氢、加电荷并保存.pdbqt文件，
1）File>Read Molecule>hsg1.pdb>打开
2）加氢：Edit>Hydrogens>Add>点“OK”
3）加电荷：Edit>Charges>Compute Gasteiger>点“OK”
4）保存：Grid>Macromolecule>Choose…>选择hsg1后点“Select Molecule”>弹出的窗口点“确定”>弹出对话框点“保存”自动保存hsg1.pdbqt
为避免打开多个分子时需要选择的问题，可Delete大分子hsg1。
4.准备Ligand分子
在PMV中打开配体小分子ind.pdb，加氢、加电荷、加Root，保存.pdbqt文件。
File>Read Molecule>ind.pdb>打开
1）加氢：Edit>Hydrogens>Add>点“OK”
2）加电荷：Edit>Charges>Compute Gasteiger>点“OK”
3）加Root：Ligand>Input>Choose…>选择ind后点“Select Molecule for AutoDock 4”
Ligand>Torsion Tree>Detect Root…（ADT自动判定Ligand的Root）
Ligand>Torsion Tree>Show Root Expansion（显示Root扩展信息）
Ligand>Torsion Tree>Show/Hind Root Marker（显示/隐藏Root标记）
Ligand>Torsion Tree>Choose Torsions…>Done
Ligand>Output>Save as PDBQT…>保存
为避免打开多个分子时需要选择的问题，Delete ind
5.AutoGrid
Grid>Macromolecule>Open…>hsg1.pdbqt>弹出的所有窗口点Yes、OK或确定
Grid>Set Map Types>Open Ligand…>选择“ind.pdbqt”>打开
Grid>Grid Box…>确定box的大小位置（如右图）>在此调节窗口左上角点“File”>Close saving current
Grid>Output>Save GPF…>保存文件名如“hsg1.gpf”>保存
Run>AutoGrid
这里，单击Browse，在弹出来的页面里选择hsg1.gpf，点击打开，这样就自动生成了hsg1.glg文件
Nice Level设置为20（这里的值对对接结果没有什么影响），然后点击Launch运行
运行AutoGrid需要一段时间
AutoGrid4程序运行完毕后，除了生成一个hsg1.glg记录文件外，最主要的是生成一系列针对不同原子探针的范德华作用力、静电力以及去溶剂化作用力的Map文件，可以打开工作目录1HSG查看：
6.AutoDock
Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>选择并打开hsg1.pdbqt
Docking>Ligand>Open…>打开ind.pdbqt>Accept
Docking>Ligand>Choose…>选择ind，点“Select Ligand”>Accept
Docking>Search Parameters>Genetic Algorithm…>Accept
Docking>Docking Parameters…>Accept
Docking>Output>Lamarckrian GA(4.2)…>保存.dpf文件
Run>AutoDock
这里，单击Browse，在弹出来的页面里再一次选择hsg1.dpf，点击打开，这样就自动生成了hsg1.dlg文件
Nice Level设置为20，然后点击Launch运行
7.Docking结果：
删除PMV中已打开的所有分子
Analyze>Dockings>Open…>选择并打开hsg1.dlg文件>出现的对话框都点Yes或确定
这是比较详细的步骤，基本上自己做一遍就学会使用autodock了。我的博客里还有简要教程，在你需要做其他autodock工作的时候，可以按照那个步骤来做。