问题：我用的是Eclipse Java Neon4.6.0，同样的这个问题也出现在其他的Eclipse的版本上，我在对我的代码内容进行修改的时候，点击运行，发现还是执行的修改之前的文件，这让我很头疼。一开始以为是Eclipse的问题，但是在另一台机器上并不会出现。
分析：因为我最近在Eclipse下安装了PyDev，也就是在Eclipse下进行python编程的插件，于是我将这个插件删除之后问题解决了。
后来，我发现是workspace内部的配置被PyDev给修改了。
解决方法：建议不要在同一个workspace下存放python和Java两种语言的程序。