MySQL的历史最早可以追溯到1979年，那时Oracle也才小打小闹，微软的SQL Server影子都没有。Monty Widenius在其合伙的TcX小公司工作时，用BASIC设计了一个报表工具，可以在4M主频和16KB内在的计算机上运行。随着时间的推移，这个小工具被用C重写并迁移到Unix上运行。当时，它只是一个很底层的面向报表的存储引擎，再配上一个报表前端。它就是大家知道的Unireg。
1990年，该公司的客户急切要求访问其数据的SQL接口，TcX提出其中一方案是把数据都加载进一个商用数据库。但Monty对这个方案的执行速度并不满意。他尝试将mSQL的代码用做SQL层，并用自己的低层级的存储引擎集成进来，但效果也不好。于是, Monty决心自己重写一个SQL。
1996年，MySQL 1.0发布,只面向一小拨人。同年10月，MySQL 3.11.1发布，只提供了Solaris下的二进制版本。一个月后，Linux二进制包也发布。 此时的MySQL还非常简陋，除了在一个表上做一些Insert，Update，Delete和Select 操作，没有其他更多的功能。
接下来的两年里，MySQL依次移植到各个平台下。它发布时，采用的许可策略，有些与众不同：允许免费商用，但是不能将MySQL与自己的产品绑定在一起发布。如果想一起发布，就必须使用特殊许可，意味着要花银子。
MySQL3.22应该是一个标志性的版本，提供了基本的SQL支持。还带有一个复杂的优化器，新版本速度很快，且非常稳定。尽管如此，它还是不支持事务、子查询、外键、存储过程和视图，只存在表级别的锁。
1999-2000，一个名叫MySQL AB的独立公司成立了（Monty Widenius也作为创始人之一），它聘请了几位开发者并与Sleepycat公司建立合作伙伴关系，提供访问Berkeley DB数据文件的SQL接口。自从Berkeley DB具备事务功能之后，它就赋于了MySQL支持事务的特质，补上了它的短板。在为集成的Berkeley DB做了一些修改之后，MySQL 3.23发布了。
2000 年，MySQL 公布了自己的源代码，并采用GPL（GNU General Public License）许可协议，正式进入开源世界。
2000年4月，有了Slashdot的支持与赞助，master/slave机制加入。不支持事务的老存储引擎ISAM被重写了，并以MyISAM的形式发布。经过大量的改良，当前版本也支持了全文搜索。MySQL AB还曾有一个跟NuShpere短期的合作，在MySQL中加入了一个支持行级锁和事务的引擎Gemini，但因法律问题于2001年结束了。也就在这时，Heikki Tuuri提议用自己的引擎集成到其中，并接手MySQL AB的工作，这个引擎就是同样支持行级锁和事务的InnoDB。
2003年3月，MySQL 4.0正式发布。新增特性：除了MySQL/InnoDB组合，还有查询缓存(Query Cache)，优化器的改良，客户端/服务器间的协议用SSL加密。
2004年10月MySQL 4.1发布，2005年10月发布里程碑的一个版本 5.0。4.1版本新增子查询，空间索引支持也加到了MyISAM引擎中。Unicode支持也被实现了。客户端/服务器协议也有了大量的改动，而且支持预处理语句（prepared statement）。5.0版本加入了存储过程，服务器端游标，触发器，视图，分布式事务（Xa transactions），查询优化器的显著改进以及其它的一些特性。MySQL的开发者发现如果要让4.1 稳定下就要花很大的工夫，如果他们要把4.1的新特性都加进去，就必须先搞定存储过程，所以他们痛下决心另创了一个分枝来开发5.0。经一度因这个造成了一些混乱——两个分枝同时处在alpha 阶段，后来4.1稳定了，这个尴尬也就随之而解了。
在5.0 之后的版本里，MySQL明确地表现出迈向高性能数据库的发展步伐。5.1版本紧随其后，其中加了好多的新的改进，如表分区（table data partitioning），基于行的复制（row-based replication）,事件调度器（event schedular），和让新存储引擎和其它插件轻松集成的标准化插件API。
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2008年1月16号 Sun公司收购MySQL。
2009年4月20，Oracle收购Sun公司。
2010年04月22 发布MySQL 5.5, MySQLcluster 7.1。
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