聚簇索引并不是一种单独的索引类型，而是一种数据存储方式。具体的细节依赖于其实现方式，但InnoDB的聚簇索引实际上在同一个结构中保存了B-Tree索引和数据行。
当表有聚簇索引时，它的数据行实际上存放在索引的叶子页（left page）中。术语“聚簇”表示数据行和相邻的键值紧凑地存储在一起。因为无法同时把数据行存放在两个不同的地方，所以一个表只能有一个聚簇索引（不过，覆盖索引可以模拟多个聚簇索引的情况）。
因为是存储引擎负责实现索引，因此不是所有的存储引擎都支持聚簇索引。这里我们主要关注InnoDB，但是这里讨论的原理对于任何支持聚簇索引的存储引擎都是适用的。
图1展示了聚簇索引中的记录是如何存放的。注意到，叶子页包含了行的全部数据，但是节点页只包含了索引列。在这个案例中，索引列包含的是整数值。
InnoDB将通过主键聚集数据，这也就是说图1中的“被索引的列”就是主键列。
如果没有定义主键，InnoDB会选择一个唯一的非空索引代替。如果没有这样的索引，InnoDB会隐式定义一个主键来作为聚簇索引。InnoDB只聚集在同一个页面中的记录。包含相邻键值的页面可能会相聚甚远。
聚簇主键可能对性能有帮助，但也可能导致严重的性能问题。所以需要仔细地考虑聚簇索引，尤其是将表的存储引擎从InnoDB改成其他引擎的时候（反过来也一样）。
聚集的数据有一些重要的优点：
- 可以把相关数据保存在一起。例如显示电子邮箱时，可以根据用户ID来聚集数据，这样只需要从磁盘读取少数的数据页就能获取某个用户的全部邮件。如果没有使用聚簇索引，则每封邮件都可能导致一次磁盘I/O。
- 数据访问更快。聚簇索引将索引和数据保存在同一个B-Tree中，因此从聚簇索引中获取数据通常比在非聚簇索引中查找要快。
- 使用覆盖索引扫描的查询可以直接使用页节点中的主键值。
如果在设计表和查询能充分利用上面的优点，那就能极大地提升性能。同时，聚簇索引也有一些缺点：
- 聚簇数据最大极限地提高了I/O密集型应用的性能，但如果数据全部都放在内存中，则访问的顺序就没那么重要了，聚簇索引也就没什么优势了。
- 插入速度严重依赖于插入顺序。按照主键的顺序插入是加载数据到InnoDB表总速度最快的方式。但如果不是按照主键顺序加载数据，那么在加载完成后最好使用OPTIMIZE TABLE命令重新组织一下表。
- 更新聚簇索引列的代价很高，因为会强制InnoDB将每个被更新的行移动到新的位置。
- 基于聚簇索引的表在插入新行，或者主键被更新导致需要移动行的时候，可能面临“页分裂（page split）”的问题。当行的主键值要求必须将这一行插入到某个已满的页中时，存储引擎会将该分裂成两个页面来容纳该行，这就是一次页分裂操作。页分裂会导致表占用更多的磁盘空间。
- 聚簇索引可能导致全表扫描变慢，尤其是行比较稀疏，或者由于页分裂导致数据存储不连续的时候。
- 二级索引（非聚簇索引）可能比想象的要更大，因为在二级索引的叶子节点包含了引用行的主键列。
- 二级索引访问需要两次索引查找，而不是一次。
最后一点可能让人有些疑惑，为什么二级索引需要两次索引查找？答案在于二级索引中保存的“行指针”的实质。要记住，二级索引叶子节点保存的不是指向行的物理位置的指针，而是行的主键值。
这意味着通过二级索引查找行，存储引擎需要找到二级索引的叶子节点获得对应的主键值，然后根据这个值去聚簇索引中查找到对应的行。这里做了重复的工作：两次B-Tree查找而不是一次。对于InnoDB，自适应哈希索引能够减少这样的重复工作。