1. 事务：InnoDB支持，MyISAM不支持，在InnoDB中每一条SQL语句都会默认封装成事务自动提交，然而这样会影响速度，因此最好把多条SQL语句放在begin和commit之间组成一个事务；
2. 索引：InnoDB是聚集索引，使用B+Tree作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按B+Tree组织的一个索引结构），而辅助索引包含主键列（主索引）。
MyISAM是非聚集索引，也是使用B+Tree作为索引结构，但索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针，主键索引和辅助索引是独立的。
3.全文索引：Innodb不支持全文索引，而MyISAM支持全文索引，查询效率上MyISAM要高；不过MySQL在5.7版本以后，InnoDB支持全文索引了。
4.外键：InnoDB支持外键，而MyISAM不支持。
5.count()函数：InnoDB不保存表的具体行数，执行select count(*) from table时需要全表扫描。而MyISAM用一个变量保存了整个表的行数，执行上述语句时只需要读出该变量即可，速度很快；
6.主键：InnoDB表必须有主键（没有指定的话引擎会自动寻找找或生产一个主键），而Myisam可以没有。
7.存储文件类型：InnoDB
存储文件有frm、ibd，而MyISAM是frm、myd、myi
frm是表定义文件，ibd是数据文件，myd是数据文件，myi是索引文件
8.表锁：MyISAM只支持表级锁，用户在操作myisam表时，select，update，delete，insert语句都会给表自动加锁；
InnoDB支持表、行(默认)级锁；
InnoDB的行锁是实现在索引上的，而不是锁在物理行记录上，就是说如果访问没有命中索引的话是无法使用行锁会退化为表锁。
比如：有一张InnoDB表，t_user(id,name,age,address)，id为PK 无其它索引
update t_user set age = 18 where id = 2 ; 命中索引，行锁
update t_user set age = 20 where id != 6 ; 未命中索引，表锁
update t_user set age = 21 where name = "Jie" ; 无索引，表锁
总结：
MyISAM不支持事务，而且不支持外键，如果对数据库表需要执行大量的 SELECT 操作，MyISAM比较适合
InnoDB支持外键、行锁、事务是他的最大特点。如果有大量的 UPDATE 和 INSERT，建议使用InnoDB