经常有人问这种问题，用了些时间java之后，发现这俩玩意除了一小部分壳子长的还有能稍微凑合上，基本上没什么相似之处，可以说也就是马甲层面上的相似吧，还是比较短的马甲。。。
一般C#多用于业务系统的开发，快速实现，微软官方的各种封装，各种语法糖，使得c#在语义语法层面上更人性化，开发思路更专注于业务逻辑，对技术的实现并不需要关心的很细（当然这是指初级的入门程度），不过也带来的一些缺陷，当表面上的功夫不能满足的时候，.net程序员就不得不去了解微软封装起来的东西，所以我认识的.net程序员几乎人手一个以上反编译器，好在微软几乎从不混淆代码。。。；这一方面java刚好相反，语义个别时候还是有些别扭的，而且对技术实现需要一定的关心，重学数据结构就不说了，现在连线性代数都开始重新学习了，有些算法真心不学闹不明白，不过java也从另外一个方面降低了这方面的技术门槛，得益于整套的javaee规范，java有大量的开源框架，这些框架只要遵循了规范，程序员可以很轻松的使用不同的框架减少工作量。.net现在也开始在这方面努力了，只是目前只看到了owin的规范，还完全不成体系。
然后说程序的执行：.net程序的执行是以程序集为单位的，只有程序集的loader，加载过程参考我之前的一篇随笔 ,于是也有友元这种控制访问的方式，类是在程序集加载时已经加载了，像找不到类这种异常是在程序集加载时报的，c#的反射也是先从程序集开始的，过程可以参考：https://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/f7ykdhsy.aspx；java的执行是以class为单位的，加载字节流到方法区，连接，验证，准备，解析，直到初始化等一系列过程，只有执行到需要这个类了才会加载它，找不到类的异常是在实际使用时才报出来的，java反射的性能虽然因为包括了一些动态类型JVM无法对这些代码进行优化，性能也会差一点，但实际的完整加载流程与正常new的加载流程差不多，区别可能只是步骤拆开了一些。。。，至于“由于反射允许代码执行一些在正常情况下不被允许的操作（比如访问私有的属性和方法），所以使用反射可能会导致意料之外的副作用－－代码有功能上的错误，降低可移植性。反射代码破坏了抽象性，因此当平台发生改变的时候，代码的行为就有可能也随着变化。”这种情况，倒是都差不多。java的进程每一都会启动一个jvm实例来执行，程序执行完jvm会退出，而.Net是clr中以应用程序域来装载程序集进行隔离的。倒是都是用即时编译器来执行编译结果的。
编译层面上，一个是字节码指令，一个是IL中间语言，IL作为中间语言会强大一些，比如支持多继承什么什么的，在这一层面上.Net根据CPU架构等会进行了一定的代码优化，另外.Net的AOP中静态织入也是基于IL进行的。
垃圾回收：一般来说垃圾回收都是分代的，不过java的增量回收还有个纯按slot分的，分代的方式也略有不同，由于clr头有元数据的存在就不像java那样还需要方法区，所以.Net有0，1，2三个代，而jvm只有young和old外加一个方法区。回收算法和定制性上反正是一贯的一个尽量开放一个尽量封闭，.Net似乎只提供了工作站或服务器的模式选项，算法上是以根为基础的引用跟踪，三个代的大小.Net会自动根据当前模式及回收频率等自动进行调整的，不得不说相对于java要进行各种jvm调优来说省心是省得多了，大对象也是直接进入最后一代，85000；java的回收算法有引用计算器，标记，复制，标记-复制混合等可自选自配，可分代选择并行还是并发回收，可以调节各代大小比例，也可以调节e区大小，有多少个s区，各种实用比例，方法区大小等等，线上有时候是需要通过命令查看一些内存情况并且对jvm的各种参数进行调优的，这么大一块庞大内容.Net是全自动的，基本上想调也没什么办法可调。
异常处理：异常处理的话，一个是java有error这种东西，另外就是java的代码中在可能抛出异常的部分都需要显式的进行处理或者抛出。
多线程：语法上的相对来说java比较原生吧，.Net基本上现在都是Task这种形式了，比如说闭锁这种东西，.Net里表现为taskFactory.ContinueWhenAll这类，差异非常大，不列举了。.Net有委托这种结构也不太需要runable，可取消的两边倒是差不多，至于带返回值的，也就是实现方式略有不同没啥好说的。线程池的话，java里Executor提供了强大丰富的线程池可用，线程池也可以实例化使用；.Net线程池就非常的坑不要直接使用，这是个clr层面唯一的池，就是说在这一个版本的clr上所有的应用是公用这一个池的，可能你分了100个线程的大小，你一个都得不到，目前官方似乎也只有LimitedConcurrencyLevelTaskScheduler可以安全的充当线程池使用。另外，比如c#中long在32位系统中是非线程安全的，但在64位中是线程安全的；java中都是线程不安全的，因为java的栈是32位的，jvm会把long分为高32位和低32位，double同理。
泛型方面 忘了哪看过一篇博客说泛型和面向对象是冲突的，估计作者没接触过C#（似乎scala也支持，但是我不熟）的逆变和协变，更细的发现有篇博客说的很详细，我就不抄了http://blog.csdn.net/nabila/article/details/8133245
以上是我觉得比较典型的区别，我接触java时间不长，最近也在不断看书，我会及时补充的，不过再怎么说这也就是个概括，并不可能很细的，细致的部分我倒是也整理了些，不过比较乱，等我再深入些再回头整理了再说。。。
参考除了在随笔中的链接外还有：
http://wayneye.com/Blog/Atomic-Operation-In-Csharp