bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

时间:2022-05-01 23:32:29

   今天运行tophat2的时候看到下面这条记录:

[2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file
Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa
[2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index
Executing: /home/pub/software/bowtie2/bowtie2-inspect /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa > /home/xudl/mrna/15B1230A/data_analysis/map/tophat2/CASE2/tmp/hg19.fa.fa

tophat2 在指定的bowtie2的索引目录下没有找到对应的名称为bowtie2_index.fa 的参考基因组文件,第一步首先根据

bowtie2索引构建参考基因组的fasta序列,用到bowtie2中的 bowtie2-inspect 程序

该程序的用法如下:

bowtie2-inspect bowtie2-inedx > ref.fa

之前一直用bowtie2做比对,没想到还有这么一个功能。