在嵌入式系统中，文件系统和pc的存储介质有些不同。PC 机中常用的是硬盘、内存、光盘和 U 盘等； 嵌入式系统中文件系统常用的有 SDRAM, DDR-SDRAM ，NOR-FLASH ，NAND-FLASH ，SD 卡，U 盘和硬盘等，种类比PC 机要多，有些是两者都有使用；如内存， 在PC 机上称为内存，在 嵌入式系统中有多个名字，可以叫内存，也可以叫SDRAM 和DDR 。
内存（sdram或ddr） 在嵌入式系统中可以用做文件系统的存储介质， 内存在掉电的情况下，不能保持原有数据不变，所以基于内存的文件系统只能是临时的文件系统 ，可以用来保存临时的文件，不能用来保存需要永久记录的文件，好处是只存在内存之中动态变化，重起系统不会产生垃圾，而且SDRAM中的文件操作要比其它介质中的文件操作要快。内存目前常用的有两种 SDRAM 和DDR SDRAM ，使用SDRAM 需要CPU 提供SDRAM 接口控制器，使用DDR SDRAM 需要CPU 提供DDR SDRAM 接口控制器，两者最大的不同是DDR SDRAM 比SDRAM 至少快1 倍，这就意味着读取一个文件如果使用SDRAM 需要2 秒钟，使用DDR 就可能只需要少于1 秒钟。
FLASH 是嵌入式系统最常用的文件系统存储介质，有两种类型 NOR 和NAND ，NOR FLASH 可以直接进行读操作，但写操作是按块而不是按字节来进行，不能直接写，需要通过命令来做控制；NAND FLASH 即不能直接进行读操作，也不可以直接进行写，读写都是按块来进行，都需要通过命令来做控制。比较而言NOR 比NAND 读速度要快些，NAND比NOR 的单位密度要高，就是单片IC NAND-FLASH 可以有4GB(Byte) 的存储空间，NOR-FLASH 最多也只有1Gb(bit)。NAND FLASH 通常有坏块，所以文件系统的设计相对复杂(需要对坏块进行处理)。当然最后体验（点）也不一样。需要指出的是FLASH 掉电可以保持文件不丢失。
最后，在修改bootload等操作中，只能通过修改flash，来实现操作。