在Visual Studio 2010中，除了可以使用“创建Web应用程序”的方式来构建自己的Web项目之外，还可以通过创建“Web网站”的方式来构建Web项
其中，Web网站的创建方法：打开Visual Studio 2010主窗体，在菜单栏里选择“文件”|“新建|网站”命令，在弹出的“新建网站”窗体里可以通过“ASP.NET 网站”和“空网站”这两种模板来创建自己的Web网站。Web应用程序的创建方法：打开Visual Studio 2010主窗体，在菜单栏里选择“文件”|“新建|项目”命令，在弹出的“新建项目”窗体里可以通过“web|Asp.net Web应用程序”创建自己的Web应用程序。
它们存在如下不同之处：
1. 从整体结构来看
Web应用程序和一般的Winform程序没有什么区别，它们都是按项目进行管理的，只有被项目文件所引用的文件才会在Solution Explorer中出现，而且只有这些文件才会被编译。可以很容易地把一个ASP.NET应用拆分成多个Visual Studio项目，也可以很容易地从项目和源代码管理中排除一个文件。而项目的文件都是按照命名空间来管理的，Web应用程序可以非常方便地引用其他的类 库，并且自己本身也可以作为类库被引用，非常适合于项目分模板进行开发。因此，有人认为Web应用程序可能是微软为了让程序员很好地从Winform过渡 到Web开发而保留了。每一个web页都有三个文件：.aspx, .aspx.design.cs,.aspx.cs文件，每一个网页都有命名空间。
与Web应用程序相比，Web网站采用了全新的开发结构，一个目录结构就是一个Web项目（不用创建项目文件，可以在studio中直接打开该文件夹），这个目录下的所有文件，都作为项目的一部分而存在。Web网站不可以作为类库被引用。每一个web页都有两个文件：.aspx, .aspx.cs文件，它抛弃了命名空间的概念，每一个网页都没有有命名空间。
2. 从编译部署看
调试或者运行Web应用程序页面的时候，必须全部编译整个Web项目。编译整个Web项目通常比较快，因为Visual Studio使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。因为所有的类文件被编译成一个应用程序集，当你部署的时候，只需要把 这个应用程序集和 .aspx文件、.ascx文件、配置文件以及其他静态内容文件一起部署。这种模型下，.aspx 文件将不被编译，当浏览器访问这个页面的时候，才会被动态编译。
而在Web网站项目中的所有的Code-Behind 类文件和独立类文件都被编译成一个独立的应用程序集，这个应用程序集被放在Bin目录下。因为是一个独立的应用程序集，你能够指定应用程序集的名字、版 本、输出位置等信息。在默认情况下，当你运行或调试任何Web页的时候，Visual Studio会完全编译Web网站项目，这么做可以让你看到编译时的所有错误。但是，在开发进程中，完全编译整个站点会是相当慢的。所以推荐你在开发调试 中只编译当前页。
如果在开发上有如下需求，建议使用创建Web应用程序的方式来构建自己的Web项目：
希望采用项目的管理方式，需要使用多个项目来构建一个Web应用，即把一个大的ASP.NET项目拆分成多个小项目。
在开发上Web页面或者Web用户控件中需要使用到单独的类，并且希望使用命名空间来进行管理，编译后要控制应用程序集的名字。
如果在开发上有下列需求，建议使用创建Web网站的方式来构建自己的Web项目：
喜欢使用 Single-Page Code 模型来开发网站页面，而不是使用Code-Behind 模型来编写网站页面。
在编写页面时，为了可以快速地看到编写效果，动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点。
需要每个页面产生一个应用程序集。
希望把一个目录当做一个Web应用来处理，而不需要新建一个项目文件。
3. 相同点
两种工程进行调试时，均可以采用“内置开发服务器”,也可以外部服务器进行调试。使用外部服务器时，需要建立起对应的虚拟目录。启动时均可以有“当前页、特定页、启动外部程序、启动url、不打开页面，等待来自外部的应用程序”几种选项。
http://blog.csdn.net/jesse621/article/details/8462296?reload