web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web网站Default.aspx显示有一个原有文件Default.aspx.cs。
web应用程序有重新生成和发布两项；Web网站只有一个发布网站。
web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等；Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。
web应用程序可以作为类库被引用；Web网站则不可以作为类库被引用。
web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code；Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。
web应用程序还可添加组件和类；Web网站则没有。
源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间，多了一项System.Collections空间引用。
Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译
网站不需要重新编译
网站可以添加APS文件夹，Web应用程序不可以
Web应用程序的项目会生成Dll文件
网站在发布的时候，会自动生成Dll文件，但是每次的Dll文件名都不一样
Web应用程序会有解决方案和项目文件,还有比较明显的web application如果对cs文件进行修改，需要编译才可以，而web site不需要了
在ASP.NET中，可以创建ASP.NET网站和ASP.NET应用程序，但是ASP.NET网站和ASP.NET应用程序开发过程和编译过程是有区别的。ASP.NET应用程序主要有以下特点：
?可以将ASP.NET应用程序拆分成多个项目以方便开发，管理和维护。
可以从项目中和源代码管理中排除一个文件或项目。
支持VSTS的Team Build方便每日构建。
可以对编译前后的名称，程序集等进行自定义。
对App_GlobalResources 的Resource强类支持。
WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息●可以将网站拆分成多个项目以方便管理●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件●支持VSTS的Team Build方便每日构建●更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制●可以对编译前后进行自己规定的处理●对App_GlobalResources 的Resource强类支持（网上说的，还没有了解过）●直接升级使用VS2003构建的大型系统
WebSite编程模型的优点：●动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）●同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰（可以要求只有编译通过才能签入）●可以每个页面生成一个程序集（不会采用这种方式）●可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件（无所谓，只适合小站点）●可以把页面也编译到程序集中（应该用不到，而且WebApplication也可以通过WebDeployment插件来实现）
两种编程模型的互相转换：VS2005 SP1内置了转换程序，可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication
只需要复制文件，右键执行“转换为Web应用程序”即可。
未查到有专门的反向转换工具，但比较后发现如果转换也非常简单。删除所有*.designer.cs
将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"
上面的是抄的，我比较了下还有。
直接建立网站，没有命名空间，有几个特殊文件夹如App_code文件夹不能直接在网站项目里建立，但可以手动添加然后包含到项目里面来。
要使用WebApplication程序 我们需要安装 Visual Studio 2005 Team Suite CHS 补丁这样才能把网站项目转换成为Web应用程序. web程序同一般的程序有些不一样，vs不必为它们建立工程（project）文件，所以也可以称为无工程开发（projectless development），目的是可以保证站点的目录清晰，不乱，有助于web程序最后的配置，可以完全将整个的目录简单的拷贝即可，因为没有多余的文件。同时，无工程开发可以方便团队开发，因为各自的开发文件不需要同步。在vs中同样还有基于工程的web开发，可以称为web工程（web projects），实际是这是以前的开发模式，存在的目的，一是可能需要迁移以前开发的web工程到vs2005下，二是有时需要在一个站点中包括多个工程，三是web工程可以灵活的处理站点的资源文件，比如大量的图片，在开发时，可以不包含到工程中，四是如果使用MSBuild工具，则必须使用工程文件。