本地blast用法

时间:2023-02-01 12:24:49

格式化数据库:

  makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname   

  参数说明:

  -in:待格式化的序列文件

  -dbtype:数据库类型,prot或nucl

  -out:数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库(blastp):

  blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

  参数说明:

  -query: 输入文件路径及文件名

  -out:输出文件路径及文件名

  -db:格式化了的数据库路径及数据库名

  -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST的m8格式

  -evalue:设置输出结果的e-value值

  -num_descriptions:tabular格式输出结果的条数

  -num_threads:线程数

核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx):

  (用法与blastp相似)

  blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8