文件名称：Blacklist:申请制作ENCODE黑名单
文件大小：1.62MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 19:45:35
bioinformatics C++
ENCODE黑名单：确定基因组的问题区域 基于高通量测序的功能基因组学检测极大地扩展了我们了解基因组的能力。 在这里，我们定义了ENCODE黑名单-人类，小鼠，蠕虫和果蝇基因组中的一组综合区域，这些区域在下一代测序实验中具有异常，无结构或高信号，而与细胞系或实验无关。 在分析功能基因组学数据时，删除ENCODE黑名单是一项重要的质量措施。 如果您使用黑名单，请引用： HM Amemiya，HM，Kundaje和A.Boyle，《编码黑名单：确定基因组中有问题的区域》。 Sci Rep 9，9354（2019）。 可用的黑名单 对于那些对使用黑名单感兴趣的人， lists/文件夹中提供了dm3，dm6，ce10，ce11，mm10，hg19和hg38的当前版本。 系统要求 硬体需求 根据分析的基因组的大小和正在处理的输入数据文件的数量，生成黑名单需要大量的RAM和磁盘存储空间。 为了获得
【文件预览】：
Blacklist-master
----blacklist.cpp(14KB)
----Makefile(1KB)
----LICENSE(34KB)
----.gitmodules(103B)
----bamtools()
----README.md(4KB)
----demo()
--------mappability()
--------Blacklist(183KB)
--------input()
----lists()
--------hg19-blacklist-README.pdf(1.38MB)
--------ce10-blacklist.v2.bed.gz(967B)
--------ce11-blacklist.v2.bed.gz(948B)
--------dm6-blacklist.v2.bed.gz(2KB)
--------mm10-blacklist.v2.bed.gz(30KB)
--------dm3-blacklist.v2.bed.gz(2KB)
--------metadata()
--------hg19-blacklist.v2.bed.gz(8KB)
--------Blacklist_v1()
--------hg38-blacklist.v2.bed.gz(6KB)