文件名称：Genie:验证和处理GENIE文件
文件大小：343KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-21 03:17:28
genie componc Python
AACR项目GENIE 介绍 该存储库记录了用于收集，质量控制，标准化和分析由AACR的GENIE项目（基因组学，证据，瘤形成，信息，交换）参与的机构上传的数据的代码。 依存关系 这些是您将需要的工具或软件包，能够再现以下结果： Python 3.6或更高版本 Synapse（ pip install synapseclient ） Python（ pip install pandas ） 文件验证器 pip install aacrgenie genie -v 这将安装所有必需的组件，以便您在所有文件（包括Synapse客户端）上本地运行验证器。 请查看帮助以查看如何运行验证程序。 genie validate -h genie validate data_clinical_supp_SAGE.txt SAGE 发展 版本控制 根据语义版本更新的版本。 将后缀-dev用于开发分支版
【文件预览】：
Genie-master
----MANIFEST.in(31B)
----bin()
--------consortium_to_public.py(10KB)
--------input_to_database.py(7KB)
--------database_to_staging.py(13KB)
----templates()
--------public_data_guide_template.Rnw(27KB)
--------dashboardTemplate.Rmd(33KB)
--------data_guide_template.Rnw(28KB)
----genie_banner.png(157KB)
----.github()
--------workflows()
----genie_registry()
--------mutationsInCis.py(4KB)
--------patientRetraction.py(212B)
--------mafSP.py(1KB)
--------vcf.py(4KB)
--------cna.py(8KB)
--------cbs.py(117B)
--------__init__.py(636B)
--------workflow.py(575B)
--------assay.py(12KB)
--------seg.py(2KB)
--------bedSP.py(339B)
--------bed.py(24KB)
--------clinicalSP.py(3KB)
--------sampleRetraction.py(2KB)
--------maf.py(10KB)
--------__version__.py(22B)
--------clinical.py(32KB)
--------fusions.py(7KB)
----Dockerfile(2KB)
----tests()
--------test_process_functions.py(16KB)
--------test_assay.py(10KB)
--------test_cna.py(4KB)
--------test_maf.py(8KB)
--------test_create_case_lists.py(5KB)
--------test_seg.py(3KB)
--------test_workflow.py(679B)
--------test_clinical.py(34KB)
--------test_clinicalSP.py(3KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_filters.py(10KB)
--------test_fusions.py(4KB)
--------test_write_invalid_reasons.py(2KB)
--------test_input_to_database.py(36KB)
--------test_retraction.py(2KB)
--------test_vcf.py(3KB)
--------test_packages.sh(905B)
--------test_process_mutation.py(13KB)
--------test_database_to_staging.py(4KB)
--------test_validate.py(12KB)
--------test_mutationsInCis.py(5KB)
--------test_bed.py(14KB)
--------test_cbs.py(2KB)
----LICENSE(1KB)
----requirements.txt(87B)
----genie()
--------consortium_to_public.py(14KB)
--------process_functions.py(37KB)
--------input_to_database.py(32KB)
--------validate.py(9KB)
--------write_invalid_reasons.py(2KB)
--------create_case_lists.py(8KB)
--------__main__.py(6KB)
--------process_mutation.py(12KB)
--------__init__.py(244B)
--------example_filetype_format.py(5KB)
--------toRetract.py(3KB)
--------dashboard_table_updater.py(31KB)
--------config.py(2KB)
--------__version__.py(23B)
--------database_to_staging.py(70KB)
----setup.py(1KB)
----.gitignore(81B)
----R()
--------mergecheck_functions.R(8KB)
--------MAFinBED.R(10KB)
--------install_packages.R(880B)
--------dashboard_markdown_generator.R(3KB)
--------test_flag_variants.R(4KB)
--------mergeCheck.R(5KB)
----.dockerignore(213B)
----README.md(3KB)