FEAST:scRNA-seq中的特征选择

时间:2024-04-03 23:12:41
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文件名称:FEAST:scRNA-seq中的特征选择

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更新时间:2024-04-03 23:12:41

R

特色:用于scRNA-seq聚类的功能选择 FEAST是一个框架,用于对特征进行排名并选择优化的特征集作为scRNA-seq聚类的输入。 FEAST管道包括三个步骤:( A )。 执行初始聚类。 ( B )。 估计特征的重要性。 ( C )。 验证功能集。 请通过vignette("FEAST")查找详细参考。 Kenong Su 解释了所有版权。 任何与FEAST相关的问题都应发布到GitHub Issue部分的 。 本教程介绍了FEAST的基本功能。 请使用小插图(“ FEAST”)查看更详细的包装小插图。 值得注意的是,可能需要预安装依赖的R软件包,例如SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,doParallel,SC3和mclust。 1.软件安装 library(devtools) install_github("suke18/FEA


【文件预览】:
FEAST-master
----man()
--------SC3_Clust.Rd(769B)
--------vector2matrix.Rd(337B)
--------FEAST_fast.Rd(757B)
--------process_Y.Rd(621B)
--------eval_Cluster.Rd(535B)
--------Norm_Y.Rd(432B)
--------TSCAN_Clust.Rd(903B)
--------Consensus.Rd(699B)
--------log_TPM_SC3.Rd(589B)
--------cal_MSE.Rd(685B)
--------Seurat_Clust.Rd(315B)
--------Purity.Rd(375B)
--------align_CellType.Rd(502B)
--------Visual_Rslt.Rd(895B)
--------cal_Fisher2.Rd(545B)
--------cal_3_metrics.Rd(662B)
--------Select_Model_short_SC3.Rd(856B)
--------cal_F2.Rd(564B)
--------FEAST.Rd(810B)
----data()
--------Yan.RData(3.97MB)
----NAMESPACE(437B)
----assets()
--------zheng1.png(165KB)
--------Deng_performance.png(497KB)
--------Yan_performance.png(483KB)
--------Goolam_performance.png(505KB)
--------Deng_PCA.png(853KB)
--------Fig1.png(131KB)
--------Deng_top.png(104KB)
--------zheng2.png(164KB)
----..bfg-report()
--------2021-03-14()
----inst()
--------NEWS(67B)
----src()
--------cal_3_metrics.c(3KB)
--------FEAST.so(16KB)
--------cal_3_metrics.o(5KB)
----vignettes()
--------Deng_performance.png(475KB)
--------FEAST.Rmd(8KB)
--------Deng_top.jpg(113KB)
--------FEAST.bib(2KB)
--------Deng_PCA.png(853KB)
--------Deng_top.pdf(15KB)
--------Deng_top.png(104KB)
----doc()
--------FEAST.Rmd(8KB)
--------FEAST.R(3KB)
--------FEAST.html(1.75MB)
----R()
--------Cluster_Evaluation.R(4KB)
--------FEAST.R(9KB)
--------Visual_result.R(3KB)
--------short_CV.R(4KB)
--------utility.R(3KB)
--------Consensus_Clustering_Mclust.R(3KB)
--------Popular_Clust_Methods.R(6KB)
--------Fisher_F.R(5KB)
----DESCRIPTION(1KB)
----README.md(5KB)

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