文件名称：lab-stuff:实验室使用的通用脚本
文件大小：88KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-08 15:07:08
JupyterNotebook
实验资料 用于实验室的通用脚本。
【文件预览】：
lab-stuff-master
----replace_char_for_n.py(768B)
----rep_scrap.py(1KB)
----extract_sequence.py(747B)
----get_sample.py(493B)
----for_colleagues()
--------deseq2_script-1.R(1KB)
--------te_unsupervised_mari.ipynb(57KB)
--------M10_qcov70_filtro.py(219B)
--------mtr_00_edit_headers.sh(507B)
--------loop_for_daniel.sh(1KB)
--------pipeline_TIS-seq_Mari.sh(7KB)
--------comandos_sel_adapt.sh(532B)
--------te-tools_script.sh(1KB)
--------DESEQ2_run.R(3KB)
--------M07_filter_reciprocal_hits.py(1KB)
--------mtr_02_combine_tables.py(2KB)
--------mtr_01_hmm_table_formatting.py(1KB)
--------filter_reciprocal_hits.ipynb(178KB)
--------fastq_splitter.py(777B)
--------mari_filter_reciprocal_hits.py(1008B)
--------mari_edit_blast.sh(191B)
----check_nt_vanilla.py(1KB)
----fasta_rm_dup.py(775B)
----repbase_get_fam_sample.py(1KB)
----restriction_sites.py(1KB)
----get_similarity_matrix.R(713B)
----fly-scraping()
--------flybase_batch_features.txt(2KB)
--------fly_scraping.py(2KB)
--------fb_batch_get_feats.py(1KB)
--------test()
--------README.md(827B)
----etc()
--------rename_fasta_by_id.py(529B)
--------fq2fa_seqkit.sh(159B)
--------check_nt_vanilla.py(981B)
--------compare_samples.sh(2KB)
--------get_seq_len.sh(108B)
--------get_masked.py(953B)
--------check_nt.py(433B)
--------manualTrimming.sh(265B)
--------blastxmltotabular(3rd_party).py(17KB)
--------hosts_get_genome.py(1KB)
--------get_lower.py(393B)
--------blast_compare_cols.py(403B)
--------retrieve_seq_from_fasta.py(596B)
--------wolbachia_get_genome.py(887B)
--------manualTrimming.py(2KB)
--------fasta_linearizer.py(644B)
--------fasta_seq_cleaner.py(2KB)
--------extractSequence.sh(439B)
----filterit_by_len.py(2KB)
----runBlastRemote.sh(459B)
----LICENSE(1KB)
----fasta_utils.py(1KB)
----get_fasta_seq.py(724B)
----ncbi-scraping()
--------rename_fasta_by_id.py(507B)
--------sample.txt(47B)
--------README.md(868B)
--------get_genome.py(2KB)
--------get_genome_by_id.py(1KB)
----geneList.sh(554B)
----runMacse.sh(306B)
----README.md(53B)
----runBlast.sh(575B)
----filterScov.sh(469B)
----unique_seqs.py(799B)
----filter_seq_len.py(376B)
----getSample.sh(641B)
----getGenes.sh(714B)
----runGblocks.sh(47B)
----runBusco.sh(302B)