文件名称：SATC:通过报道进行性别分配
文件大小：8.07MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-27 23:03:59
R
萨特 通过报道进行性别分配 基于基因组覆盖度共同确定非模型生物的个体性别和与性相关的支架的框架。 我们的方法通过将样品的测序深度投影到二维主成分分析图上，然后进行高斯混合聚类，从而确定个体性别。 通过两个样本的t检验，根据男性和女性阅读深度的差异来识别联合性连锁的支架。 SATC遵循以下步骤工作： 归一化每个样品中每个支架的深度 使用PCA减少归一化深度的维数 使用*PC上的高斯混合聚类对样本进行聚类， 从聚类和DoC中确定样本性别和与性相关的支架。 获取SATC git clone https://github.com/popgenDK/SATC cd SATC/ 安装依赖项 所需的R软件包（mclust）可以轻松安装，如果需要，我们已经在主要功能中包含了自动安装代码。 用法 SATC通过执行主要功能文件satc.R来运行： Rscript --vanilla satc.R
【文件预览】：
SATC-main
----satc.R(2KB)
----satcFunc.R(5KB)
----examples()
--------leo_idxstats_path.txt(2KB)
--------idx_leopard()
--------plots()
----README.md(3KB)