文件名称：StrainFinder:应变查找器
文件大小：23KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 13:01:16
Python
应变查找器 引文： 应变追踪揭示了粪微生物群移植后人类肠道细菌植入的决定因素（ ） 链接到论文中的数据（从URL中删除空格）： 。 投寄箱.com / sh / kfiu4wb53oemn6j / AAB13sgaKS7MV4lVqXLCxTuMa？dl = 0 如果您对Strain Finder有任何疑问，请随时与我联系（csmillie AT mit DOT edu）。 学分 应变查找器1.0由乔纳森·弗里德曼（Jonathan Friedman）编写，可以在以下位置找到： : kpileup由Broad研究所的Katherine Huang撰写 概述 应变查找器将参考基因组比对和要推断的菌株数作为输入。 它找到了所有基因组中的菌株基因型和菌株频率的最大似然估计。 应变查找器使用EM算法执行优化。 由于EM仅收敛到局部最优值，而不一定收敛到全局最优值，因此应在许多初
【文件预览】：
StrainFinder-master
----preprocess()
--------example_files()
--------4.kp2np.py(1KB)
--------5.filter_np.py(5KB)
--------3.kpileup.pl(9KB)
--------2.make_gene_file.py(1013B)
--------1.filter_sam.py(2KB)
--------0.run.py(3KB)
----README.md(10KB)
----StrainFinder.py(37KB)