文件名称：cgat-core:CGAT代码的核心功能
文件大小：208KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-26 21:07:23
Python
CGAT-core是一个工作流管理系统，它使用户能够快速而可重复地构建可扩展的数据分析管道。 CGAT-core是一组库和辅助函数，用于使研究人员能够设计和构建用于分析大规模数据分析的计算工作流。 CGAT-core可以在访问。 与CGAT-apps结合使用，我们已经使用一组有据可查，易于安装和使用的工作（称为 （））展示了灵活实施的功能。 CGAT-core是开源的，功能强大的和用户友好的，并且在过去10年中一直作为下一代测序（NGS）工作流管理系统进行持续开发。 安装 以下各节介绍如何安装框架。 有关如何安装其他存储库，CGAT应用程序（脚本）和CGAT流（工作流/管道）的说明，请按照以下说明进行操作。 按照上的说明，安装cgatcore的首选方法是使用conda。 但是，还有其他几种安装cgatcore的方法，包括pip和我们自己的bash脚本安装程序。 Linux与OS X
【文件预览】：
cgat-core-master
----MANIFEST.in(358B)
----KNOWN_BUGS(14B)
----docs()
--------project_info()
--------defining_workflow()
--------img()
--------conf.py(7KB)
--------release.rst(2KB)
--------function_doc()
--------getting_started()
--------remote()
--------Makefile(605B)
--------index.rst(5KB)
----.github()
--------workflows()
----Dockerfile(928B)
----tests()
--------test_pipeline_execution.py(15KB)
--------test_iotools.py(2KB)
--------test_pipeline_actions.py(1KB)
--------test_pipeline_cluster.py(3KB)
--------test_pipeline_cli.py(3KB)
--------test_pipeline_control.py(4KB)
--------template_pipeline.py(2KB)
--------test_import.py(2KB)
----LICENSE(1KB)
----install.sh(19KB)
----INSTALL(176B)
----setup.cfg(38B)
----conda()
--------environments()
----requirements.txt(52B)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(557B)
----readthedocs.yml(52B)
----README.md(3KB)
----cgatcore()
--------csvutils.py(9KB)
--------pipeline()
--------logfile.py(5KB)
--------table.py(26KB)
--------database.py(9KB)
--------iotools.py(38KB)
--------__init__.py(0B)
--------tables.py(21KB)
--------csv2db.py(11KB)
--------remote()
--------version.py(22B)
--------experiment.py(59KB)
----scripts()
--------conda.py(2KB)
--------cgat_check_deps.py(10KB)
--------match_conda_deps.sh(2KB)
--------cgat_conda_deps.sh(10KB)
----conda_requires.txt(47B)
----THANKS.txt(273B)