文件名称：rmsystemsproject:COMP 383483 RM系统项目
文件大小：275KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 19:43:47
Python
RM系统高炉 COMP 383/483项目 作者：托马斯·斯科特（Thomas Scott），安妮·扬科夫斯基（Anne Jankowski）和马修·洛弗雷多（Matthew Loffredo） 此工具旨在基于已有的用于REBASE的BLAST工具（限制酶数据库）构建，允许任意长度的序列，多FASTA文件输入和批处理运行。 它由两个python脚本RebaseSetup和RebaseBlast组成。 RebaseSetup从REBASE的FTP站点检索序列文件，并创建本地BLAST +数据库。 这些文件每月更新一次（请参阅 ），因此仅在需要最新文件时才运行此脚本。 然后RebaseBlast可以对该数据库进行BLAST多个基因组/装配，并将每个命中的信息返回到输出文件，包括命中的重叠群，RM系统的名称，系统的类型以及REBASE的序列。 要求 该工具内置于Linux或OSX终端中，可以在
【文件预览】：
rmsystemsproject-main
----RebaseBlast.py(8KB)
----RMSystemsStat.jpg(87KB)
----ParsePlasmidGenomes.py(435B)
----plasmid_finder_results_putonti.tsv(38KB)
----RebaseSetup.py(1KB)
----README.md(3KB)
----AccessionNumbers10.txt(159B)
----.gitignore(51B)
----AccessionNumbersAll.txt(7KB)
----RMSystemsPipeline.jpg(223KB)