文件名称：sunbeam:强大，可扩展的宏基因组学流水线
文件大小：464KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-21 22:01:38
snakemake reproducible-research metagenomics Python
Sunbeam：强大，可扩展的宏基因组测序流程 Sunbeam是用编写的管道，可简化并自动进行宏基因组测序分析中的许多步骤。 它使用来管理依赖项，因此它没有预先存在的依赖项或管理特权，并且可以部署在大多数Linux工作站和群集上。 要了解更多信息，请查看。 Sunbeam当前可自动执行以下任务： 质量控制，包括适配器调整，主机读取删除和质量过滤； 使用将读物分类分配到数据库; 使用将读段组装到重叠群中; 使用BLAST [n / p / x]的重叠群注释； 读取到目标基因组的映射； 和 使用ORF预测。 Sunbeam被设计为模块化和可扩展的。 已为以下应用程序构建了一些扩展： 用于查看读序列 ，备用阅读分类器 ，使用BWA而非kmers的阅读分类器 ，一个下游分析管道，可以完成很多工作！ 可以在扩展页面上找到更多扩展： : 。 要开始使用，请参阅我们的！
【文件预览】：
sunbeam-dev
----setup.py(539B)
----.gitignore(259B)
----Snakefile(5KB)
----sunbeamlib()
--------data()
--------decontam.py(751B)
--------__init__.py(6KB)
--------qc.py(901B)
--------scripts()
--------config.py(5KB)
--------reports.py(3KB)
--------samtools.py(2KB)
----install.sh(7KB)
----etc()
--------b3bp.sh(14KB)
----.travis.yml(110B)
----stable_env()
--------v2.1.0.txt(19KB)
--------v3.0.0.txt(25KB)
----extensions()
--------.placeholder(1B)
----.github()
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE.md(416B)
----Readme.md(7KB)
----tests()
--------sbx_test()
--------raw()
--------targets.txt(1KB)
--------seqid2taxid.map(69B)
--------targets_singleend.txt(802B)
--------run_tests.bash(6KB)
--------test_config_defaults.yml(186B)
--------test_suite.bash(16KB)
--------generate_dummy_data.py(4KB)
--------prep_config_file.py(1KB)
--------cfg_template.yml(20B)
--------truncated_taxonomy()
--------indexes()
--------find_targets.py(774B)
--------sbx_test_subdir()
----environment.yml(534B)
----.circleci()
--------dump_conda_env.bash(227B)
--------config.yml(1KB)
----docs()
--------images()
--------Makefile(604B)
--------index.rst(2KB)
--------conf.py(5KB)
--------_static()
--------make.bat(811B)
--------quickstart.rst(4KB)
--------usage.rst(19KB)
--------extensions.rst(19KB)
--------citation.rst(272B)
----rules()
--------reports()
--------assembly()
--------download()
--------targets()
--------classify()
--------mapping()
--------annotation()
--------qc()