文件名称：eggs:关于生物信息学可能失败或成功的新想法
文件大小：41.84MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 16:18:40
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重现性 方法对数据的影响以及如何选择最佳方法
【文件预览】：
eggs-master
----bcbio-plugins()
--------metrics-parser.py(2KB)
----mirenrichment()
--------Example_mirPath.Rmd(7KB)
--------quickstart_mirPath.Rmd(3KB)
--------mirPath.R(5KB)
--------hsa_refseq_mirdb_ensembl(1.08MB)
--------hsa_miRDB_v5.0_prediction_result.txt.gz(14.47MB)
----fix_star()
--------rna-star.rb(454B)
----star_error()
--------run.sh(970B)
--------transcript.gtf(786KB)
--------genome.fa(4.51MB)
----mirannotation()
--------check_isomirs.py(7KB)
--------stats_isomirs(1.09MB)
--------check.align.py(7KB)
--------stats_isomirs.rmd(2KB)
--------versions.md(1KB)
--------stats_isomirs.html(48KB)
--------stats_isomirs_full(3.16MB)
--------stats_isomirs_files()
--------stats.rmd(2KB)
--------stats.html(513KB)
--------stats(14.71MB)
--------mirannotation.sh(2KB)
--------stats.md(2KB)
----genome_based_mirna_annotation()
--------TODO.rmd(37B)
--------run_tools.py(4KB)
--------stats.rmd(3KB)
--------star()
--------ann_parser.py(2KB)
--------parse_bam.py(2KB)
----svreport()
--------sv-report.py(4KB)
----test_miraligner()
--------hairpin.hsa.fa(178KB)
--------sim.fasta(1.25MB)
--------pyMatch.i(507B)
--------pyMatch.c(5KB)
--------long.fa(452B)
--------read.py(254B)
----vasttools()
--------vastdiff.R(6KB)
--------figures.txt(2KB)
--------figures.pdf(36KB)
--------input_test.tab(2KB)
----vardict_debug()
--------MANIFEST.in(56B)
--------scripts()
--------vardict()
--------requirements.txt(48B)
--------setup.py(952B)
----LICENSE(18KB)
----peer4rnaseq()
--------tsiexp.alpha.def.txt(200B)
--------tsiexp.txt.bz2(11.12MB)
--------aphaFactors.png(5KB)
--------tsicov.txt(340B)
--------applyPeer.py(748B)
--------tsiexp.def.txt.bz2(10.01MB)
--------expressionValues.png(5KB)
--------showchanges.R(2KB)
----README.md(97B)
----samplesize()
--------fdr_by_samplesize.rmd(2KB)
--------code.R(3KB)
----resources()
--------resources.tar(20KB)
--------system-ipython-defq.yaml(57B)
--------bcbio_system.yaml(2KB)
--------samples.yaml(14KB)
----methods()
--------srnaseq-methods.bbl(1004B)
--------srnaseq-methods.pdf(81KB)
--------srnaseq-methods.aux(1KB)
--------srnaseq-methods.log(35KB)
--------srnaseq-methods.bib(30KB)
--------srnaseq-methods.tex(1KB)
--------srnaseq-methods.out(89B)
--------srnaseq-methods.blg(903B)
--------compile.sh(119B)