文件名称：拉姆达克
文件大小：1.43MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-19 01:04:35
Nextflow
该管道可以分析来自全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法的数据。 介绍 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 快速开始 一世。 安装 ii。 安装或以实现完整的管道重现性（请参阅 ）。 请注意，ramdaq不支持conda。 iii。 自动下载管道并使用单个命令在最小数据集上对其进行测试 nextflow run rikenbit/ramdaq -profile test, < docker> 请检查并启用docker或singularity来为您的本地计算环境设置适当的执行设置。 iv。 开始运行您自己的分析！ iv-i。 您可以在不下载参考注释数据的情况下运行ramdaq。 nextflow run rikenbit/ramdaq
【文件预览】：
ramdaq-master
----Dockerfile(535B)
----.gitignore(64B)
----nextflow_schema.json(16KB)
----README.md(4KB)
----CHANGELOG.md(355B)
----bin()
--------markdown_to_html.py(3KB)
--------drawplot_assignedgenomerate_bar.r(2KB)
--------drawplot_ERCC_corr.r(2KB)
--------drawplot_tpm_counts.r(5KB)
--------adjust_bed_noncoding.r(2KB)
--------drawplot_fcounts_histone_bar.r(2KB)
--------calc_TPMCounts.r(2KB)
--------scrape_software_versions.py(2KB)
--------edgeR_heatmap_MDS.r(3KB)
--------mqc_features_stat.py(3KB)
----.github()
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE.md(566B)
--------workflows()
--------markdownlint.yml(113B)
--------ISSUE_TEMPLATE()
----conf()
--------test.config(3KB)
--------test.PE.stranded.human.config(4KB)
--------test.local.human.config(2KB)
--------base.config(2KB)
--------test.PE.stranded.mouse.config(4KB)
--------test.PE.unstranded.human.config(4KB)
--------remote_annotation.config(7KB)
--------test.SE.stranded.mouse.config(3KB)
--------test.SE.unstranded.mouse.config(3KB)
--------test.SE.stranded.human.config(3KB)
--------test.SE.unstranded.human.config(3KB)
--------local_annotation.config(5KB)
--------test.PE.unstranded.mouse.config(4KB)
----environment.yml(928B)
----docs()
--------README.md(1KB)
--------local_annotation.md(6KB)
--------output.md(10KB)
--------examples.md(3KB)
--------nig_supercomputer_system.md(3KB)
--------usage.md(13KB)
--------images()
--------test_data.md(1KB)
----LICENSE(1KB)
----.gitattributes(36B)
----nextflow.config(6KB)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----main.nf(62KB)
----tools()
--------bamtools_f_PE.json(294B)
--------bamtools_r_PE.json(294B)
--------bamtools_f_SE.json(127B)
--------bamtools_r_SE.json(128B)
----assets()
--------barplot_assignedgenome_rate_header.txt(373B)
--------ramdaq_logo.svg(3KB)
--------sendmail_template.txt(1KB)
--------multiqc_config.yaml(4KB)
--------barplot_num_of_detgene_header.txt(357B)
--------email_template.html(2KB)
--------mdsplot_header.txt(532B)
--------ercc_dataset.txt(5KB)
--------barplot_fcounts_histone_header.txt(379B)
--------pcaplot_header.txt(249B)
--------ercc_correlation_header.txt(413B)
--------heatmap_header.txt(849B)
--------email_template.txt(845B)
--------biotypes_header.txt(439B)
--------umapplot_header.txt(227B)
--------tsneplot_header.txt(227B)