文件名称：NIAP:NIAP是用于分析NGS和长期读取的RNA-seq数据的通用管道
文件大小：26KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-19 13:07:24
Perl
行动计划 NIAP（天真异构体分析管道）是用于分析短读和长读RNA序列数据的通用管道。 这很幼稚，因为它不会删除有关结构和丰度的任何记录。 相反，用户可以使用NIAP的输出执行任何过滤步骤。 NIAP主要执行三项任务，包括（1）转录本合并，（2）转录本注释，（3）转录本比较和（4）长期阅读RNA-seq数据的转录本合并。 安装 git clone https://github.com/alanlamsiu/NIAP.git 执行上述四个任务的脚本可以在./NIAP/script中找到。 计算环境 所有脚本均已在Perl（v5.22.1）和Ubuntu中进行了测试。 需要bedtools（ ）。 运行工具脚本时，bedtool的路径可以放在$ PATH中，也可以指定。 1.笔录合并 在脚本合并步骤中，脚本NIAP_merge_v1.1.pl用于在一个或多个.gtf文件中合并具有相同结构
【文件预览】：
NIAP-main
----LICENSE(34KB)
----README.md(7KB)
----script()
--------NIAP_merge_v1.1.pl(14KB)
--------NIAP_check_v1.1.pl(11KB)
--------NIAP_annotate_v1.3.pl(21KB)