【文件属性】：
文件名称：SpikeIns2016:Aaron的即插即用手稿的代码和手稿文件
文件大小：166KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-16 09:30:15
simulations manuscript single-cell normalization TeX
评估scRNA-seq数据加标的可靠性
概述
该库为论文提供了代码，评估了对单细胞RNA测序数据进行分析时加标归一化的可靠性 。
重复真实数据分析
运行download.sh以从ArrayExpress（E-MTAB-5522）下载计数矩阵，将其解压缩并将其移至相关目录。 这还将下载描述所有样本注释的SDRF文件。
使用R CMD INSTALL --preclean package （或R CMD INSTALL --preclean package的等效命令）安装package/ 。 上次使用R版本3.4。*和Bioconductor版本3.6进行了测试。
输入real并按照以下说明进行操作：
输入Calero/trial_20160113/并运行run_me.sh 。 这将产生一个Markdown文档，其中包含方差估计以及一些序列化的R对象，以便在必要时进行进一步检查。
对
【文件预览】：
SpikeIns2016-master
----sequences()
--------annotation()
--------cross_align()
--------genomes()
--------biophysical()
----simulations()
--------variance()
--------pics()
--------clustering()
--------sampling()
--------.gitignore(193B)
--------diffexp()
--------datasets()
----.gitignore(672B)
----README.md(3KB)
----bsub.sh(392B)
----download.sh(889B)
----submissions()
--------revision_20170626()
--------biorxiv_20170323()
--------revision_20170823()
----manuscript()
--------prickle.tex(70KB)
--------pics()
--------comments.Rmd(4KB)
--------refnorm.bib(17KB)
--------Makefile(693B)
--------supplement.tex(38KB)
----package()
--------man()
--------NAMESPACE(156B)
--------R()
--------DESCRIPTION(493B)
----real()
--------Calero()
--------depth()
--------make_pics.R(15KB)
--------ArrayExpress()
--------.gitignore(102B)
--------run_all.sh(213B)
--------index_swapping()
--------Liora()