文件名称：UNCOVER:UNCOVER的来源（Sarto Basso，Hochbaum，Vandin，RECOMB 2018）
文件大小：9.08MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 06:06:01
Python
揭露 发现癌症中具有互补功能关联的改变的python工具 参考 发现具有互补功能关联的癌症变异的高效算法。 R. Sarto Basso，D。Hochbaum，F。Vandin。 RECOMB 2018（ ） 前提条件 安装熊猫：$ pip安装熊猫 仅适用于ILP-安装cplex并将PYTHONPATH设置为cplex位置 如何使用它？ 运行贪婪算法 $ python ./UNCOVER_greedyv2.py alteration_file target_file folder_results相关性k filter_high filter_low排列solutionfile_name 运行ILP $ python ./UNCOVER_ILPv2.py alteration_file target_file folder_results相关系数k filter_high filte
【文件预览】：
UNCOVER-master
----Example()
--------KRAS_essentiality_profile.gct(4KB)
--------Achilles_QC_v2.4.3.rnai.Gs_modified2.gct(14.6MB)
--------CCLE_MUT_CNA_AMP_DEL_binary_Revealer.gct.zip(2.86MB)
--------CTNBB1_transcriptional_reporter.gct(4KB)
--------Readme.txt(40B)
--------NRF2_activation_profile.gct(9KB)
--------Mek_test.txt(12KB)
----UNCOVER_greedyv2.py(13KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----README.md(3KB)
----UNCOVER_ILPv2.py(17KB)