【文件属性】：
文件名称：diatomas:基于个体的微生物群落生长和发育模型
文件大小：131KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-12 15:33:32
Java
我在一些文件夹的根目录中添加了README.md文件，以解释该模型的结构，其中对代码的注释被认为是不可行的。
论文中对此模型进行了广泛的描述：Storck，T.，Picioreanu，C.，Virdis，B.，＆Batstone，DJ（2014）。 基于个体的微生物群落建模的可变细胞形态学方法。 生物物理杂志，106（9），2037–2048。
Eclipse和Git用于管理该项目。 Arch Linux和JRE 7（OpenJDK）主要用于运行代码，其他基于Unix的操作系统和JRE版本也应能运行。 已包括对Windows的基本支持，但尚未经过测试，可能需要进行一些调试。
将最新版本导入Eclipse
克隆git仓库（ ）
git clone https://github.com/tomasstorck/diatomas.git
在eclipse中创建一个新项目，然后选择在
【文件预览】：
diatomas-master
----license.txt(1KB)
----test()
--------ibmTest()
----build.xml(2KB)
----matlab()
--------Import.m(259B)
--------RenderUnmark.m(658B)
--------Rrodvar.m(94B)
--------RenderSketch.m(11KB)
--------RenderBuildPov.m(12KB)
--------rodcompression.m(649B)
--------MinVolEllipse.m(3KB)
--------DistDist.m(189B)
--------DrawAll.m(537B)
--------CheckOverlap.m(298B)
--------runHeight.m(4KB)
--------runFitArea.m(1KB)
--------Rsphere.m(86B)
--------nrodvar.m(96B)
--------Ellipse_plot.m(3KB)
--------CalculateMass.m(940B)
--------myaa.m(11KB)
--------runStackDetect.m(961B)
--------fitArea.m(1005B)
--------Draw.m(3KB)
--------height.m(845B)
--------runOrientation.m(4KB)
--------arodfixed.m(87B)
--------BallArray.m(255B)
--------orientation.m(1KB)
--------Expand.m(986B)
--------README.md(159B)
--------CreateSave.m(13KB)
--------Compare.m(848B)
--------dimensions.m(668B)
--------nsphere.m(78B)
--------RenderCalcRight.m(1KB)
----src()
--------random()
--------ser2mat()
--------ibm()
--------comsol()
--------interactor()
--------ericson()
----.gitignore(102B)
----README.md(3KB)
----blender()
--------rendermonitor.py(5KB)
--------aomdriver.py(2KB)
--------as.py(5KB)
--------ecolidriver.py(1KB)
--------aom.py(5KB)
--------.gitignore(42B)
--------aom_sidedriver.py(2KB)
--------aom_side.py(6KB)
--------README.md(1KB)
--------as_nofil.py(4KB)
--------asdriver_nofil.py(1KB)
--------ecoli.py(6KB)
--------render.py(35KB)
--------asdriver.py(1KB)