文件名称：pmodel:用于基于蛋白质结构域的遗传变异建模
文件大小：58KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 01:47:24
Python
#pmodel 整个管道以pipeline.sh作为主程序运行，并运行4个子程序： getfiles.sh，create.sh，intersect.sh，table.sh（以及lollipop.sh作为图表的奖励） ### pipeline.sh 这是您可以使用-g获取文件，-c创建，-i使用相交，-t用于表以及-l生成棒棒糖图的枢纽。 您还可以将一些可选参数传递给所使用的每个下标。 ### getfiles.sh 这是初始文件的收集和格式化位置（如果尚不存在）。 VEP注释是可选的，因为它需要很长的时间，但是正确的注释对于完成管道是必需的。 ### create.sh 在此处创建域区域和非域区域（或无域）的文件。 这些将在管道的更下游用于生成表格和相交。 coverage值是可以传递的可选参数，默认值为5。 ### intersect.sh 在此程序中，由create
【文件预览】：
pmodel-master
----omim.py(454B)
----test-different-transcripts.py(124B)
----lencount.py(681B)
----diversefinder.py(1KB)
----nodom.py(3KB)
----uniq.pl(500B)
----recompute.py(1KB)
----sbatch.sh(1KB)
----rearrange.py(1KB)
----tables.sh(5KB)
----getfiles.sh(5KB)
----pipeline.sh(1KB)
----upton.py(5KB)
----filter_doms.py(4KB)
----extractcommands100815.sh(17KB)
----noints.py(1KB)
----print_header.py(459B)
----scripts()
--------esp-common.py(238B)
--------rvis-genes.py(1KB)
----lollipop.sh(725B)
----select-transcript.py(1KB)
----int-filter.py(5KB)
----fix_nodoms.py(646B)
----fix_doms.py(771B)
----analysis.py(2KB)
----mafcalc.py(2KB)
----make-doms.py(2KB)
----notes(417B)
----multilolli.sh(156B)
----divtable.r(320B)
----table.py(7KB)
----resid-plot.py(2KB)
----count_uniq_col.py(274B)
----intersect.sh(3KB)
----varcomp.py(2KB)
----append_fields.py(569B)
----test.sh(6KB)
----README.md(2KB)
----filterutrs.py(2KB)
----test-intersections.py(641B)
----clin.py(599B)
----graphics.r(13KB)
----genetable.py(1KB)
----create.sh(4KB)
----swindow.py(33KB)
----precision.py(532B)
----entropy.py(885B)
----match_on_header.py(624B)
----exac-resid.py(10KB)