文件名称：EGAsubmit：欧洲基因组-现象组存档提交的Nextflow
文件大小：82KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-16 01:18:21
Nextflow
EGAsubmit：帮助程序Nextflow进行提交 汇 此回购尝试降低提交的工作量。 它不会自动执行EGA提交的每个方面。 它是为fastq设计的，也许我们将包括CRAM或其他格式，但目前它允许单个和成对的fastq格式。 概述 （对于我们的新手来说，）EGA提交最困难的部分是EGAcryptor，并使用CSV链接文件和示例。 这似乎是一项适合Nextflow的任务。 因此，我们将输入作为CSV来指示sampleID，/ path / to / read1.fastq.gz，/ path / to / read2.fastq.gz，并将它们用作EGAcryptor和EGA格式的CSV生成过程的输入。 然后将这些输出到指定的目录，从而在中您提供相对简单的clicky作业 用法：
【文件预览】：
EGAsubmit-master
----conf()
--------sonic.config(793B)
--------genome.config(855B)
--------nucleus.config(804B)
----main.nf(7KB)
----data()
--------test()
----README.md(879B)
----nextflow.config(1KB)