文件名称：SNT手稿：Arshadi等人的同伴存储库。 2020年
文件大小：3.69MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-20 02:16:25
Python
SNT手稿脚本 该存储库托管用于汇编图形的脚本。 这些脚本旨在从订阅了Neuroanatomy更新站点的Fiji安装中运行，如。 依赖sciview / Cx3D功能的脚本还需要对SciView-Unstable更新站点的可选订阅。 由于数据是经常从外部服务器下载的，因此需要Internet连接。 下载 为了简化执行，我们提供了ZIP文件，这些文件预先捆绑了现有的斐济安装以及所有必需的更新站点订阅。 相同的ZIP文件还包含此存储库的内容。 这些自包含的ZIP文件在提供。 相反，如果您希望在本地Fiji安装上运行这些脚本，请使用此独立下载此存储库的内容。 运行脚本 每个图都与SNTmanuscript的子目录相关联（例如SNTmanuscript/Fig01/ ）。 然后，该子目录包含一个或多个脚本。 大部分应该从斐济运行，并且可以拖放到斐济的主窗口中：一旦显示在斐济的脚本编辑器中，就
【文件预览】：
SNTmanuscript-master
----Fig02()
--------multigraphs.py(4KB)
--------connectivity_by_tips.py(2KB)
--------output()
--------IllustrateHistogramCells.groovy(2KB)
--------RetrieveBrainRegions.groovy(534B)
--------README.md(2KB)
--------connectivity_by_norm_length.py(2KB)
----Metrics()
--------PT-Medulla.png(441KB)
--------csv()
--------pca.png(43KB)
--------analysis.py(8KB)
--------heatmap.png(101KB)
--------ExtractMetrics.groovy(1KB)
--------retrieve_swcs.py(2KB)
--------histplot.png(153KB)
--------README.md(3KB)
--------PT-Thalamus.png(401KB)
--------Corticothalamic.png(215KB)
----FigS3_5D-Tracing()
--------generate_fig.py(1KB)
--------README.md(274B)
--------traces()
----Fig01()
--------intensity_profile.py(623B)
--------time_profile.py(1KB)
--------README.md(370B)
--------traces()
----VidS3_Chemoattraction()
--------README.md(299B)
----LICENSE(34KB)
----FigS7_PopulationDiagrams()
--------multigraph_pt_neurons.py(2KB)
----FigS1_Hessian()
--------generate_figure_data.py(16KB)
--------misc()
--------README.md(2KB)
----FigS4_Viewers()
--------README.md(751B)
----FigS6_SyntheticMorphologies()
--------proj()
--------render_exemplars.py(2KB)
--------csv()
--------analysis.py(7KB)
--------heatmap.png(108KB)
--------RenderMaps.ijm(560B)
--------ExtractMetrics.groovy(1KB)
--------grn()
--------run_simulations_simple.py(3KB)
--------histplot.png(191KB)
--------README.md(2KB)
--------swc()
----.gitignore(278B)
----FigS5_API()
--------api_demo.py(951B)
----README.md(2KB)
----VidS1_BrainFilling()
--------Brain_Filling.bsh(3KB)
--------README.md(188B)
----FigS2_Fitting()
--------add_noise_to_swcs.py(2KB)
--------README.md(227B)