文件名称：blastxmlparser:快速的大数据XML解析器和库，用Ruby编写
文件大小：209KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-29 01:03:10
Ruby
bio-blastxmlparser blastxmlparser是一个非常快速的并行大数据BLAST XML文件解析器，可以用作命令行实用程序。 使用blastxmlparser可以： 解析BLAST XML 过滤器输出 生成FASTA，JSON，YAML，RDF，JSON-LD，HTML，CSV，表格输出等 而不是将所有内容加载到内存中，而是通过BLAST查询（迭代）来解析XML。 这不仅具有低内存使用的优势，而且还可以尽早显示结果，并且在IO并行继续（磁盘预读）时速度更快。 blastxmlparser是一个命令行实用程序，可用于过滤结果，并且不需要了解Ruby。 快速开始 gem install bio-blastxmlparser gem install parallel # if you want multi-core support blastxmlpar
【文件预览】：
blastxmlparser-master
----timings.sh(597B)
----LICENSE.txt(1KB)
----VERSION(6B)
----.document(55B)
----lib()
--------bio()
--------bio-blastxmlparser.rb(552B)
----Gemfile(259B)
----bio-blastxmlparser.gemspec(2KB)
----spec()
--------spec_helper.rb(368B)
--------bio-blastxmlparser_spec.rb(3KB)
----Rakefile(648B)
----.travis.yml(285B)
----test()
--------data()
----README.md(12KB)
----sample()
--------nokogiri_sax.rb(617B)
--------nokogiri_dom.rb(352B)
--------bioruby.rb(416B)
--------libxml_sax.rb(477B)
--------blastxmlparserdemo.rb(408B)
--------nokogiri_split_dom.rb(672B)
----template()
--------blast2json.erb(475B)
--------blast2rdf.erb(634B)
--------blast2rdf-minimal.erb(830B)
--------blast2json2.erb(689B)
----.rspec(8B)
----.gitignore(780B)
----bin()
--------blastxmlparser(6KB)