文件名称：gross:gromacs的简单包装
文件大小：53KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 11:51:55
Python
总的 GROMACS简单启动 这是在GROMACS中调用最小化，平衡和生产运行的更为简化的方式。 这是非常试验性的，并且仅实现了几乎微不足道的功能。 gross.py 可以使用-m ， -e ， -p任意组合调用gross.py ，以分别运行最小化，平衡或生产运行。 -a等效于-m -e -p ， -c将在远程目标上运行生产步骤。 gross_config.json 通常，运行GROMACS涉及在命令行上传递一堆文件。 我发现跟踪这些内容有些烦人，并且导致生成的GROMACS命令笨拙，因此该程序包将它们存储在易于阅读的.json文件中。 slurm指定要使用的构建脚本。 remote和remote_dir指定运行的远程目标以及放置它们的目录。 stir.py stir.py负责为SRD准备系统。 使用stir.py -i <input file> -o
【文件预览】：
gross-master
----insane.py(82KB)
----replex_utils()
--------multi_grompp.sh(412B)
--------README.md(110B)
--------generate_mdp.sh(933B)
----multigrace.sh(148B)
----gross_config.json(2KB)
----README.md(1KB)
----getting_started.md(8KB)
----pinsane.py(83KB)
----protein_parser.py(4KB)
----stir.py(4KB)
----gross.py(8KB)