GOexpress-original:Bioconductor 包的原始存储库。 现在在

时间:2021-06-11 11:22:33
【文件属性】:
文件名称:GOexpress-original:Bioconductor 包的原始存储库。 现在在
文件大小:1.82MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-06-11 11:22:33
R GO快车 使用基因本体注释可视化微阵列和 RNAseq 数据。 概述 该软件包旨在分析基于基因表达测量的生物信息学数据。 它需要两个输入值: 一个包含检测数据和现象数据的表达式集。 AssayData 槽应该是一个逐个样本的矩阵,提供每个样本(列)中基因(行)的表达水平。 行名称预计是 Ensembl 基因标识符或存在于 Ensembl BioMart 数据集查询中的微阵列中的探针组标识符。 phenoData 槽应该是来自 Biobase 包的 AnnotatedDataFrame,提供有关样本的表型信息。 行名是样本,至少其中一列必须是两级或多级的分组因子(R语言实际含义中的因子)。 要调查的分组因子的名称,它必须是 phenoData 中的有效列名。 该分析使用 biomaRt 包对提供的基因注释中表示的所有基因本体 (GO) 术语进行评分,或从当前的 Ensembl 注释版本
【文件预览】:
GOexpress-original-master
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--------microarray2dataset.RData(3KB)
--------AlvMac.RData(80KB)
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--------AlvMac_allgenes.RData(4KB)
----man()
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--------AlvMac_results.Rd(2KB)
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----NEWS(30KB)

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