文件名称：D2:将虚拟放映速度提高50倍
文件大小：55KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-27 00:26:46
Python
深度对接–将虚拟放映速度提高50倍 重要更新： 带有更新的文档，现在提供了新的改进版本的Deep Docking。 深度对接（DD）是一种基于深度学习的工具，旨在加速基于对接的虚拟筛选。 在此存储库中，您可以找到所有使用喜欢的对接程序筛选超大型化学文库（例如ZINC15数据库（包含13亿个分子））所需的全部内容。 有关更多信息，请参阅我们的。 可以在此找到用于构建本文报告的模型的数据集。 关于这个仓库 pd_python文件夹包含运行DD所需的所有脚本。 在开始之前，将文件夹复制到您的计算机上。 Slurm文件夹包含一些脚本示例，这些脚本使用Slurm排队系统在群集上自动执行DD。 temp文件夹包含运行DD需要创建的模板和文件示例。 先决条件 要运行DD，您需要安装以下软件包： python的软件包安装程序（ ） 一个从SMILES创建3D构象的程序 对接程序 然后，您需要设置以下
【文件预览】：
D2-master
----slurm()
--------jobid_writer.py(984B)
--------phase_3_alternate_1.sh(1KB)
--------start_project.py(584B)
--------temp.sh(1KB)
--------final_phase_main.sh(2KB)
--------simple_job_predictions.py(2KB)
--------phase_1.sh(948B)
--------oed_check.py(1KB)
--------final_phase_alternate_main.sh(2KB)
--------pd_window_1.py(4KB)
--------phase_3_alternate_1_main.sh(1KB)
--------test(5B)
--------phase_3_alternate_main.sh(1KB)
--------phase_2.sh(1KB)
--------pd_window_3.py(18KB)
--------phase_maker.py(1010B)
--------pd_window_2.py(8KB)
--------simple_job_models.py(4KB)
--------download_zinc.sh(221B)
--------phase_3_alternate.sh(1KB)
--------phase_3.sh(876B)
--------input_glide.py(2KB)
--------phase_changer.py(2KB)
--------final_phase.sh(2KB)
--------final_phase_alternate.sh(2KB)
----temp()
--------labels_example.txt(319B)
--------logs.txt(501B)
--------logs_example.txt(298B)
----pd_python()
--------download_zinc15.py(1KB)
--------Extracting_smiles.py(11KB)
--------sampling.py(3KB)
--------phase_1.sh(948B)
--------count_mols.py(1KB)
--------final_step.py(4KB)
--------progressive_docking.py(15KB)
--------hyperparameter_result_evaluation.py(14KB)
--------sanity_check.py(3KB)
--------Morgan_fing.py(2KB)
--------simple_job_models_noslurm.py(4KB)
--------Extract_labels.py(3KB)
--------smile_simplification.py(3KB)
--------final_phase_noslurm.sh(628B)
--------Extracting_morgan.py(5KB)
--------Prediction_morgan_1024.py(4KB)
--------molecular_file_count_updated.py(2KB)
--------Prediction_morgan_1024_top_n.py(3KB)
--------simple_job_predictions_noslurm.py(2KB)
----requirements.txt(104B)
----README.md(12KB)
----LICENSE.txt(1KB)