ucsc_snapshots:从 UCSC 基因组浏览器自动获取指定区域的图像

时间:2024-07-03 02:17:44
【文件属性】:

文件名称:ucsc_snapshots:从 UCSC 基因组浏览器自动获取指定区域的图像

文件大小:6KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-07-03 02:17:44

Python

ucsc_snapshots 文档 版本:0.1.8 概括 ucsc_snapshots 根据从 BED3+ 文件和会话 ID (hgsid) 指定的坐标从 UCSC 基因组浏览器中检索图片。 UCSC Genome Browser 应在使用该实用程序之前设置轨道并保存为会话。 这包括所有轨道设置、大小等。一旦这些设置完成,您就可以加载页面源并通过搜索“hgsid=”来识别 hgsid 提供 hgsid 和 BED 文件。 将根据 BED 文件中的坐标检索图像并将其保存到目录中: ucsc-snapshots-/chrom-start-end.pdf ucsc-snapshots-/chrom-start-end.png 警告 如果您有多个区域,您可能需要通宵运行此程序,因为 UCSC 限制为每 15 秒 1 个请求和每天 5000 个请求。 当心多个


【文件预览】:
ucsc_snapshots-master
----ucsc_snapshots()
--------ucsc_snapshots.py(10KB)
--------__init__.py(22B)
----README(1KB)
----requirements.txt(65B)
----setup.py(775B)
----.gitignore(43B)
----README.md(6B)

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