文件名称：序列解析与简单作图-graph theory and complex networks: an introduction
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文件格式：PDF
更新时间：2024-06-28 07:09:47
bio-python
18.2 序列解析与简单作图 这一部分展示更多使用第5 章介绍的 Bio.SeqIO 模块进行序列解析的例子，以及 Python 类库 mat- plotlib 中 pylab 的作图接口（参见 matplotlib 主页的教程 ）。注意，跟随这些例子，你需要安装 matplotlib - 但是即使没有它，你依然可以尝试数据的解析的内容。 18.2.1 序列长度柱状图 在很多时候，你可能想要将某个数据集中的序列长度分布进行可视化——例如，基因组组装项目中的 contig 的大小范围。在这个例子中，我们将再次使用我们的兰花 FASTA 文件 ls_orchid.fasta ，它只包含 94 条序列。 首先，我们使用 Bio.SeqIO 来解析这个 FASTA 文件，并创建一个序列长度的列表。你可以用一个 for 循环来实现，然而我觉得列表解析（list comprehension）更简洁： >>> from Bio import SeqIO >>> sizes = [len(rec) for rec in SeqIO.parse("ls_orchid.fasta", "fasta")] >>> len(sizes), min(sizes), max(sizes) 18.2 序列解析与简单作图 287