文件名称：2. Tune kernel Ridge MM (HPC parallel):通过并行计算调整内核Ridge的Shell / R程序-开源
文件大小：463KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 11:23:51
开源软件
用于HPC Linux群集的shell / R程序，允许用户在混合模型框架内估算用于内核Ridge回归的最佳衰减率参数，以进行预测。 最佳衰减率是使用K倍交叉验证（使用群集节点并行化）估算的。
【文件预览】：
Tune_kernel_Ridge_MM_HPC_parallelized
----Get_K_folds_cross_validation_results.sh(541B)
----Execute_tune_kernel_Ridge_MM_parallel.sh~(2KB)
----READ_ME.txt(3KB)
----Module_load_R.sh(133B)
----Get_K_folds_cross_validation_results.sh~(697B)
----Nb_folds(2B)
----Programs()
--------Tune_kernel_Ridge_MM_bandwidth.R(2KB)
--------Predict_kernel_Ridge_MM.R(3KB)
--------Tune_kernel_Ridge_MM_bandwidth.R~(2KB)
--------Tune_kernel_Ridge_MM.R~(6KB)
--------Kernel_Ridge_MM.R(9KB)
--------EM_REML_MM.R(3KB)
--------Old()
--------Tune_kernel_Ridge_MM_bandwidth.sh(53B)
--------Expected_loss_versus_decay_rate.R(744B)
--------Tune_kernel_Ridge_MM.R(6KB)
----Clean.sh(76B)
----Expected_loss_versus_decay_rate.R~(901B)
----Optimal_h_for_prediction(5B)
----Clean.sh~(76B)
----Expected_loss_versus_decay_rate.pdf(6KB)
----Expected_loss_versus_decay_rate.R(901B)
----Data_parameters()
--------Genotypes.txt(5.34MB)
--------Re_write_data.R~(399B)
--------Vector_phenotypes(803B)
--------Matrix_genotypes(5.24MB)
--------Re_write_data.R(403B)
--------Phenotypes.txt(7KB)
--------Trait_num(2B)
----Execute_tune_kernel_Ridge_MM_parallel.sh(2KB)