转换：用于对从DC提取的数据实施转换的Python代码

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文件名称：转换：用于对从DC提取的数据实施转换的Python代码

文件大小：158KB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-03-03 20:14:48

Python

该存储库的目标是提供独立的代码，使任何人都可以执行端到端ETL，从DC开始到最终可以上传到BQ的.jsonl文件结束。 转换和合并代码还会生成有关数据问题的日志，然后可以将这些日志传送到DC。 转换流 带有注释的示例患者数据，解释数据的协调，记录和合并 原始案例文件： ， ， ， 安装 克隆存储库并安装 git clone [e-mail]:CancerDataAggregator/transform.git pip install -e . 要么 git clone https://github.com/CancerDataAggregator/transform.git pip install -e 从DC提取原始JSONL extract-*程序用于从DC提取数据。 例如， extract-gdc用于从GDC提取数据。 使用extract-gdc -h获取使用信

【文件预览】：
transform-main
----flow.puml(2KB)
----.gitattributes(93B)
----.github()
--------workflows()
----overallflow.png(104KB)
----cdatransform()
--------transform()
--------schema2transform.py(800B)
--------__init__.py(0B)
--------extract()
--------lib.py(312B)
--------version.py(26B)
----setup.py(1KB)
----README.md(4KB)
----docs()
--------pdc_example.yml(3KB)
----tests()
--------integration()
--------__init__.py(0B)
--------small()
--------steps()
--------test_validate.py(2KB)
----gdc-transform.yml(76B)
----.gitignore(100B)